MirGeneDB ID | Aca-Mir-23-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-23a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-23-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-23-P3 Bta-Mir-23-P3 Cfa-Mir-23-P3 Cmi-Mir-23-P3a Cmi-Mir-23-P3b Cpi-Mir-23-P3 Cpo-Mir-23-P3 Dno-Mir-23-P3 Dre-Mir-23-P3 Ete-Mir-23-P3 Gja-Mir-23-P3 Gmo-Mir-23-P3 Hsa-Mir-23-P3 Lch-Mir-23-P3 Mal-Mir-23-P3 Mdo-Mir-23-P3 Mml-Mir-23-P3 Mmu-Mir-23-P3 Mun-Mir-23-P3e Mun-Mir-23-P3f Oan-Mir-23-P3 Ocu-Mir-23-P3 Pbv-Mir-23-P3 Rno-Mir-23-P3 Sha-Mir-23-P3 Sto-Mir-23-P3 Tgu-Mir-23-P3 Tni-Mir-23-P3 Xla-Mir-23-P3c Xla-Mir-23-P3d Xtr-Mir-23-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
2: 29158348-29158408 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P3) |
Mir-24-P3
2: 29157652-29157711 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P3 2: 29157937-29157998 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P3 2: 29158348-29158408 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAUGUCUCUAUAUUGUGCCGCUGCCAGCUGGGGUUCCUGGUGAUGUGAUUUUAUUUUGGUGUUCAGAAUCACAUUGCCAGGGAUUUCCAACCAUCAGUGAGCUACCGCACCUGAGAAGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGAUGUCUCUAUAUUGU- - CCAGC -| UG UAUUUU GC CGCUG UGG GGUUCCUGG AUGUGAUUU G CG GUGAC ACC UUAGGGACC UACACUAAG G GUGAAGAGUCCACGCCAU A UACCA U^ GU ACUUGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Aca-Mir-23-P3_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0021895 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGGUUCCUGGUGAUGUGAUUU -22
Get sequence
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Mature sequence | Aca-Mir-23-P3_3p |
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mirBase accession | MIMAT0021896 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AUCACAUUGCCAGGGAUUUCCAA -61
Get sequence
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