| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-23-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-23a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-23-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-23-P3 Ami-Mir-23-P3 Bta-Mir-23-P3 Cfa-Mir-23-P3 Cja-Mir-23-P3 Cmi-Mir-23-P3a Cmi-Mir-23-P3b Cpi-Mir-23-P3 Cpo-Mir-23-P3 Dno-Mir-23-P3 Dre-Mir-23-P3 Eca-Mir-23-P3 Ete-Mir-23-P3 Gja-Mir-23-P3 Gmo-Mir-23-P3 Hsa-Mir-23-P3 Laf-Mir-23-P3 Lch-Mir-23-P3 Mal-Mir-23-P3 Mml-Mir-23-P3 Mmr-Mir-23-P3 Mmu-Mir-23-P3 Mun-Mir-23-P3e Mun-Mir-23-P3f Neu-Mir-23-P3 Oan-Mir-23-P3 Ocu-Mir-23-P3 Pab-Mir-23-P3 Pbv-Mir-23-P3 Rno-Mir-23-P3 Sha-Mir-23-P3 Sto-Mir-23-P3 Tgu-Mir-23-P3 Tni-Mir-23-P3 Xla-Mir-23-P3c Xla-Mir-23-P3d Xtr-Mir-23-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
3: 446525831-446525889 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P3) |
Mir-23-P3
3: 446525831-446525889 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P3 3: 446526008-446526070 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P3 3: 446526151-446526210 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGACCCAGUACCCCUGAGCCUUGGCCGGCUGGGGUUCCUGGGGAUGGGAUUUGAUUACUGCCACAAAUCACAUUGCCAGGGAUUUCCAACUGACCACUGGCCCUGCUGCUGGAGCUGCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGACCCAGUACCCCUGA- U- C C -| G G GAUUA GCC UGG CGG UGG GGUUCCUGG GAUG GAUUU C CGG ACC GUC ACC UUAGGGACC UUAC CUAAA U CCGUCGAGGUCGUCGUCC UC A A U^ G A CACCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-23-P3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026710 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGGUUCCUGGGGAUGGGAUUU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-23a-5p |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-23-P3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUCACAUUGCCAGGGAUUUCCAA -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-23a-3p |
