| MirGeneDB ID | Pab-Mir-23-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-23-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-23-P3 Ami-Mir-23-P3 Bta-Mir-23-P3 Cfa-Mir-23-P3 Cja-Mir-23-P3 Cmi-Mir-23-P3a Cmi-Mir-23-P3b Cpi-Mir-23-P3 Cpo-Mir-23-P3 Dno-Mir-23-P3 Dre-Mir-23-P3 Eca-Mir-23-P3 Ete-Mir-23-P3 Gja-Mir-23-P3 Gmo-Mir-23-P3 Hsa-Mir-23-P3 Laf-Mir-23-P3 Lch-Mir-23-P3 Mal-Mir-23-P3 Mdo-Mir-23-P3 Mml-Mir-23-P3 Mmr-Mir-23-P3 Mmu-Mir-23-P3 Mun-Mir-23-P3e Mun-Mir-23-P3f Neu-Mir-23-P3 Oan-Mir-23-P3 Ocu-Mir-23-P3 Pbv-Mir-23-P3 Rno-Mir-23-P3 Sha-Mir-23-P3 Sto-Mir-23-P3 Tgu-Mir-23-P3 Tni-Mir-23-P3 Xla-Mir-23-P3c Xla-Mir-23-P3d Xtr-Mir-23-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054699.2: 13876398-13876456 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P3) |
Mir-24-P3
CM054699.2: 13876094-13876153 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P3 CM054699.2: 13876252-13876313 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P3 CM054699.2: 13876398-13876456 [-] UCSC Ensembl Mir-181-P1c CM054699.2: 13913985-13914045 [+] UCSC Ensembl Mir-181-P2c CM054699.2: 13914170-13914232 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCCCCCUCACCCCUGUGCCACGGCCGGCUGGGGUUCCUGGGGAUGGGAUUUGCUUCCUGUCACAAAUCACAUUGCCAGGGAUUUCCAACCGACCCUGAGCUCUGCCACCGAGGAUGCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCCCCCCUCACCCCUGU- - C C C -| G G GCUUC GC CA GG CGG UGG GGUUCCUGG GAUG GAUUU C CG GU CC GCC ACC UUAGGGACC UUAC CUAAA U UCGUAGGAGCCACCGUCU A C A A U^ G A CACUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pab-Mir-23-P3_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGGUUCCUGGGGAUGGGAUUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pab-Mir-23-P3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUCACAUUGCCAGGGAUUUCCAA -59
Get sequence
|
