| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-23-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-23a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-23-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-23-P3 Ami-Mir-23-P3 Bta-Mir-23-P3 Cfa-Mir-23-P3 Cja-Mir-23-P3 Cmi-Mir-23-P3a Cmi-Mir-23-P3b Cpi-Mir-23-P3 Cpo-Mir-23-P3 Dno-Mir-23-P3 Dre-Mir-23-P3 Eca-Mir-23-P3 Ete-Mir-23-P3 Gja-Mir-23-P3 Gmo-Mir-23-P3 Hsa-Mir-23-P3 Laf-Mir-23-P3 Lch-Mir-23-P3 Mal-Mir-23-P3 Mdo-Mir-23-P3 Mml-Mir-23-P3 Mmr-Mir-23-P3 Mun-Mir-23-P3e Mun-Mir-23-P3f Neu-Mir-23-P3 Oan-Mir-23-P3 Ocu-Mir-23-P3 Pab-Mir-23-P3 Pbv-Mir-23-P3 Rno-Mir-23-P3 Sha-Mir-23-P3 Sto-Mir-23-P3 Tgu-Mir-23-P3 Tni-Mir-23-P3 Xla-Mir-23-P3c Xla-Mir-23-P3d Xtr-Mir-23-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr8: 84208527-84208585 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P3) |
Mir-181-P2c
chr8: 84178720-84178781 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1c chr8: 84178885-84178945 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P3 chr8: 84208527-84208585 [+] UCSC Ensembl Mir-27-P3 chr8: 84208685-84208747 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P3 chr8: 84208839-84208896 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUGCCCCCCUCACUGUGCCUCGGACGGCUGGGGUUCCUGGGGAUGGGAUUUGAUGCCAGUCACAAAUCACAUUGCCAGGGAUUUCCAACUGACCCUGUGCUCUGCCUUGGGGGCUCCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCUGCCCCCCUCACUGU- CUC- A C -| G G GAUGC GC GG CGG UGG GGUUCCUGG GAUG GAUUU C CG CC GUC ACC UUAGGGACC UUAC CUAAA A UCCUCGGGGGUUCCGUCU UGUC A A U^ G A CACUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmu-Mir-23-P3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0017019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGGUUCCUGGGGAUGGGAUUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-23a-5p miRDB: MIMAT0017019 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmu-Mir-23-P3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0000532 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUCACAUUGCCAGGGAUUUCCAA -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000532 TargetScanVert: mmu-miR-23a-3p miRDB: MIMAT0000532 |
