| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-23-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-23a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-23-P2 Xtr-Mir-23-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-23-P3 Ami-Mir-23-P3 Bta-Mir-23-P3 Cfa-Mir-23-P3 Cja-Mir-23-P3 Cmi-Mir-23-P3a Cmi-Mir-23-P3b Cpi-Mir-23-P3 Cpo-Mir-23-P3 Dno-Mir-23-P3 Dre-Mir-23-P3 Eca-Mir-23-P3 Ete-Mir-23-P3 Gja-Mir-23-P3 Gmo-Mir-23-P3 Hsa-Mir-23-P3 Laf-Mir-23-P3 Lch-Mir-23-P3 Mal-Mir-23-P3 Mdo-Mir-23-P3 Mml-Mir-23-P3 Mmr-Mir-23-P3 Mmu-Mir-23-P3 Mun-Mir-23-P3e Mun-Mir-23-P3f Neu-Mir-23-P3 Oan-Mir-23-P3 Ocu-Mir-23-P3 Pab-Mir-23-P3 Pbv-Mir-23-P3 Rno-Mir-23-P3 Sha-Mir-23-P3 Sto-Mir-23-P3 Tgu-Mir-23-P3 Tni-Mir-23-P3 Xla-Mir-23-P3c Xla-Mir-23-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr3: 129998679-129998742 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P3) |
Mir-23-P3
chr3: 129998679-129998742 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P3 chr3: 129999287-129999348 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P3 chr3: 129999419-129999478 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCCGUGGGCCCUUCUUGCUGCUGACAGCGGGGGAUUCCUGGAGAUGGGAUUUUAUUUUGGCAGCCAAUAAAUCACAUUGCCAGGGAUUUCCAACUGUCGGCCGCCCGGUCAGCGGCGCAACUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCCGUGGGCCCUUCUU--| U CG GG AG G UAUUUUG GC GCUGACAG GG AUUCCUGG AUG GAUUU G CG CGGCUGUC CC UAGGGACC UAC CUAAA C UUCAACGCGGCGACUGGCC^ C AA UU GU A UAACCGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xtr-Mir-23-P3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGGAUUCCUGGAGAUGGGAUUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xtr-Mir-23-P3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0003568 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AUCACAUUGCCAGGGAUUUCCAA -64
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-23a |
