| MirGeneDB ID | Pab-Mir-27-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-27 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-27-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-27-P3 Ami-Mir-27-P3 Bta-Mir-27-P3 Cfa-Mir-27-P3 Cja-Mir-27-P3 Cmi-Mir-27-P3 Cpi-Mir-27-P3 Cpo-Mir-27-P3 Dno-Mir-27-P3 Dre-Mir-27-P3 Eca-Mir-27-P3 Ete-Mir-27-P3 Gga-Mir-27-P3 Gja-Mir-27-P3 Gmo-Mir-27-P3 Hsa-Mir-27-P3 Laf-Mir-27-P3 Lch-Mir-27-P3 Loc-Mir-27-P3 Mal-Mir-27-P3 Mdo-Mir-27-P3 Mml-Mir-27-P3 Mmr-Mir-27-P3 Mmu-Mir-27-P3 Neu-Mir-27-P3 Oan-Mir-27-P3 Ocu-Mir-27-P3 Pbv-Mir-27-P3 Rno-Mir-27-P3 Sha-Mir-27-P3 Sto-Mir-27-P3a Sto-Mir-27-P3b Tgu-Mir-27-P3 Tni-Mir-27-P3 Xla-Mir-27-P3c Xla-Mir-27-P3d Xtr-Mir-27-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054699.2: 13876252-13876313 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-27-P3) |
Mir-24-P3
CM054699.2: 13876094-13876153 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P3 CM054699.2: 13876252-13876313 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P3 CM054699.2: 13876398-13876456 [-] UCSC Ensembl Mir-181-P1c CM054699.2: 13913985-13914045 [+] UCSC Ensembl Mir-181-P2c CM054699.2: 13914170-13914232 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCCCGAAGCCUGUGCGUGGCCUGAGGAGCAGGGCUUAGCUGCUUGUGAGCAGGGUCCACACCAAGUUGUGUUCACAGUGGCUAAGUUCCGCCCCCCAGGCCCUCACCUCCUCUGGCCUUGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCCCGAAGCCUGUGCGU--| A A A UG U GGGUCCAC GGCCUG GG GC GGGCUUAGC CU GUGAGCA \ CCGGAC CC CG CUUGAAUCG GA CACUUGU A CGUUCCGGUCUCCUCCACUC^ C C C GU - GUUGAACC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pab-Mir-27-P3_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGCUUAGCUGCUUGUGAGCA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pab-Mir-27-P3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC -62
Get sequence
|
