| MirGeneDB ID | Mal-Mir-27-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-27 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-27-P1 Mal-Mir-27-P2a Mal-Mir-27-P2b Mal-Mir-27-P4a Mal-Mir-27-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-27-P3 Ami-Mir-27-P3 Bta-Mir-27-P3 Cfa-Mir-27-P3 Cja-Mir-27-P3 Cmi-Mir-27-P3 Cpi-Mir-27-P3 Cpo-Mir-27-P3 Dno-Mir-27-P3 Dre-Mir-27-P3 Eca-Mir-27-P3 Ete-Mir-27-P3 Gga-Mir-27-P3 Gja-Mir-27-P3 Gmo-Mir-27-P3 Hsa-Mir-27-P3 Laf-Mir-27-P3 Lch-Mir-27-P3 Loc-Mir-27-P3 Mdo-Mir-27-P3 Mml-Mir-27-P3 Mmr-Mir-27-P3 Mmu-Mir-27-P3 Neu-Mir-27-P3 Oan-Mir-27-P3 Ocu-Mir-27-P3 Pab-Mir-27-P3 Pbv-Mir-27-P3 Rno-Mir-27-P3 Sha-Mir-27-P3 Sto-Mir-27-P3a Sto-Mir-27-P3b Tgu-Mir-27-P3 Tni-Mir-27-P3 Xla-Mir-27-P3c Xla-Mir-27-P3d Xtr-Mir-27-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884862.1: 448987-449048 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-27-P3) |
Mir-23-P3
KV884862.1: 448756-448817 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P3 KV884862.1: 448987-449048 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAUGUCCAUAAAACCUGGCUGCGCGGCAGCAGGACUUAACCCACGUGUGAACAGUAUGUGUUCACCAUGUUCACAGUGGUUAAGUUCUGCCGCCACACGGCUUCAGCCUGCAAGGGAAGGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAUGUCCAUAAAACCU--| CGC A C G GUAUGU GGCUG GGC GCAGGACUUAACC AC UGUGAACA G UCGGC CCG CGUCUUGAAUUGG UG ACACUUGU U GGGAAGGGAACGUCCGACU^ ACA C - - ACCACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Drosha cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mal-Mir-27-P3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGGACUUAACCCACGUGUGAACA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mal-Mir-27-P3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UUCACAGUGGUUAAGUUCUGCC -62
Get sequence
|
