| MirGeneDB ID | Ami-Mir-27-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-27 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-27a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-27-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-27-P3 Bta-Mir-27-P3 Cfa-Mir-27-P3 Cja-Mir-27-P3 Cmi-Mir-27-P3 Cpi-Mir-27-P3 Cpo-Mir-27-P3 Dno-Mir-27-P3 Dre-Mir-27-P3 Eca-Mir-27-P3 Ete-Mir-27-P3 Gga-Mir-27-P3 Gja-Mir-27-P3 Gmo-Mir-27-P3 Hsa-Mir-27-P3 Laf-Mir-27-P3 Lch-Mir-27-P3 Loc-Mir-27-P3 Mal-Mir-27-P3 Mdo-Mir-27-P3 Mml-Mir-27-P3 Mmr-Mir-27-P3 Mmu-Mir-27-P3 Neu-Mir-27-P3 Oan-Mir-27-P3 Ocu-Mir-27-P3 Pab-Mir-27-P3 Pbv-Mir-27-P3 Rno-Mir-27-P3 Sha-Mir-27-P3 Sto-Mir-27-P3a Sto-Mir-27-P3b Tgu-Mir-27-P3 Tni-Mir-27-P3 Xla-Mir-27-P3c Xla-Mir-27-P3d Xtr-Mir-27-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017713323.1: 200584-200646 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-27-P3) |
Mir-23-P3
NW_017713323.1: 200394-200456 [+]
UCSC
Mir-27-P3 NW_017713323.1: 200584-200646 [+] UCSC Mir-24-P3 NW_017713323.1: 200859-200919 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGCCUGGGACACUCCUGAAGCCAGGGCACAGGGCUUAGCUCACCUGUGAACAGAGUUAGCGUUGCAUCAUGUUCACAGUGGCUAAGUUCCGCCUCCUGGUGUCUAUUACCUGGGACUCAGGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGCCUGGGACACUCCU--| A CACA U C GAGUUAGC GA GCCAGGG GGGCUUAGC CAC UGUGAACA \ CU UGGUCCU CUUGAAUCG GUG ACACUUGU G CGGACUCAGGGUCCAUUAU^ G CCGC - - ACUACGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ami-Mir-27-P3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038067 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGCUUAGCUCACCUGUGAACA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ami-Mir-27-P3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038068 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC -63
Get sequence
|
