| MirGeneDB ID | Mml-Mir-27-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-27 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mml-mir-27a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mml-Mir-27-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-27-P3 Ami-Mir-27-P3 Bta-Mir-27-P3 Cfa-Mir-27-P3 Cja-Mir-27-P3 Cmi-Mir-27-P3 Cpi-Mir-27-P3 Cpo-Mir-27-P3 Dno-Mir-27-P3 Dre-Mir-27-P3 Eca-Mir-27-P3 Ete-Mir-27-P3 Gga-Mir-27-P3 Gja-Mir-27-P3 Gmo-Mir-27-P3 Hsa-Mir-27-P3 Laf-Mir-27-P3 Lch-Mir-27-P3 Loc-Mir-27-P3 Mal-Mir-27-P3 Mdo-Mir-27-P3 Mmr-Mir-27-P3 Mmu-Mir-27-P3 Neu-Mir-27-P3 Oan-Mir-27-P3 Ocu-Mir-27-P3 Pab-Mir-27-P3 Pbv-Mir-27-P3 Rno-Mir-27-P3 Sha-Mir-27-P3 Sto-Mir-27-P3a Sto-Mir-27-P3b Tgu-Mir-27-P3 Tni-Mir-27-P3 Xla-Mir-27-P3c Xla-Mir-27-P3d Xtr-Mir-27-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003339765.3_Mmul_10_traces) |
CM014354.1: 13435598-13435659 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-27-P3) |
Mir-24-P3
CM014354.1: 13435440-13435499 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P3 CM014354.1: 13435598-13435659 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P3 CM014354.1: 13435742-13435800 [-] UCSC Ensembl Mir-181-P1c CM014354.1: 13475982-13476042 [+] UCSC Ensembl Mir-181-P2c CM014354.1: 13476167-13476229 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCCCGAAGCCUGUGCCUGGCCUGAGGAGCAGGGCUUAGCUGCUUGUGAGCAGGGUCCACACCAAGUCGUGUUCACAGUGGCUAAGUUCCGCCCCCCAGGCCCUCACCUCCUCCGGCCUUGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCCCGAAGCCUGUGCCU--| A A A UG U GGGUCCAC GGCCUG GG GC GGGCUUAGC CU GUGAGCA \ CCGGAC CC CG CUUGAAUCG GA CACUUGU A CGUUCCGGCCUCCUCCACUC^ C C C GU - GCUGAACC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mml-Mir-27-P3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0026600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGCUUAGCUGCUUGUGAGCA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-27a-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mml-Mir-27-P3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0002753 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC -62
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-27a-3p |
