| MirGeneDB ID | Aca-Mir-23-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-23b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aca-Mir-23-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-23-P2 Bta-Mir-23-P2 Cfa-Mir-23-P2 Cja-Mir-23-P2 Cli-Mir-23-P2 Cmi-Mir-23-P2 Cpi-Mir-23-P2 Cpo-Mir-23-P2 Dno-Mir-23-P2 Dre-Mir-23-P2a Dre-Mir-23-P2b Eca-Mir-23-P2 Ete-Mir-23-P2 Gga-Mir-23-P2 Gja-Mir-23-P2 Gmo-Mir-23-P2b Hsa-Mir-23-P2 Laf-Mir-23-P2 Lch-Mir-23-P2 Loc-Mir-23-P2 Mal-Mir-23-P2a Mal-Mir-23-P2b Mdo-Mir-23-P2 Mml-Mir-23-P2 Mmr-Mir-23-P2 Mmu-Mir-23-P2 Mun-Mir-23-P2 Neu-Mir-23-P2 Oan-Mir-23-P2 Ocu-Mir-23-P2 Pab-Mir-23-P2 Pbv-Mir-23-P2 Pma-Mir-23-o2 Rno-Mir-23-P2 Sha-Mir-23-P2 Spt-Mir-23-P2 Sto-Mir-23-P2 Tgu-Mir-23-P2 Tni-Mir-23-P2b Xla-Mir-23-P2c Xla-Mir-23-P2d Xtr-Mir-23-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
2: 40592005-40592064 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P2) |
Mir-24-P2
2: 40591325-40591384 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P2 2: 40591779-40591841 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P2 2: 40592005-40592064 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAACACGUGUCCUUCUGGUUUUGGUUGUUUGGGUUCCUGGCAUGCUGAUUUGUGACUUAAGAUGAAAAUCACAUUGCCAGGGAUUACCACAUAACCAUGACACUGGCCUCUGUAACAGCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAACACGUGUCCUUCUG-- U U -- -| C GUGACU GUU UGGUUGU UGG GUUCCUGGC AUG UGAUUU U CAG ACCAAUA ACC UAGGGACCG UAC ACUAAA A CCGACAAUGUCUCCGGUCA U C AU U^ - AGUAGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aca-Mir-23-P2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021897 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGUUCCUGGCAUGCUGAUUU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Aca-Mir-23-P2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0021898 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUCACAUUGCCAGGGAUUACCAC -60
Get sequence
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