| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-23-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-23b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-23-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-23-P2 Ami-Mir-23-P2 Bta-Mir-23-P2 Cfa-Mir-23-P2 Cja-Mir-23-P2 Cli-Mir-23-P2 Cmi-Mir-23-P2 Cpi-Mir-23-P2 Dno-Mir-23-P2 Dre-Mir-23-P2a Dre-Mir-23-P2b Eca-Mir-23-P2 Ete-Mir-23-P2 Gga-Mir-23-P2 Gja-Mir-23-P2 Gmo-Mir-23-P2b Hsa-Mir-23-P2 Laf-Mir-23-P2 Lch-Mir-23-P2 Loc-Mir-23-P2 Mal-Mir-23-P2a Mal-Mir-23-P2b Mdo-Mir-23-P2 Mml-Mir-23-P2 Mmr-Mir-23-P2 Mmu-Mir-23-P2 Mun-Mir-23-P2 Neu-Mir-23-P2 Oan-Mir-23-P2 Ocu-Mir-23-P2 Pab-Mir-23-P2 Pbv-Mir-23-P2 Pma-Mir-23-o2 Rno-Mir-23-P2 Sha-Mir-23-P2 Spt-Mir-23-P2 Sto-Mir-23-P2 Tgu-Mir-23-P2 Tni-Mir-23-P2b Xla-Mir-23-P2c Xla-Mir-23-P2d Xtr-Mir-23-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_42: 4055809-4055868 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P2) |
Mir-24-P2
scaffold_42: 4055099-4055157 [-]
UCSC
Mir-27-P2 scaffold_42: 4055574-4055636 [-] UCSC Mir-23-P2 scaffold_42: 4055809-4055868 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCUCUGCUCCUGAGUGCUCUGGCUGCUUGGGUUCCUGGCAUGCUGAUUUGUGACUUAAGAUUAAAAUCACAUUGCCAGGGAUUACCACGCAACCACGACCUUGGCUGCUCCUCUGAAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAGCUCUGCUCCUGAGUGC- - C U -- -| C GUGACU UC UGG UGC UGG GUUCCUGGC AUG UGAUUU U AG ACC ACG ACC UAGGGACCG UAC ACUAAA A AAAGUCUCCUCGUCGGUUCC C A C AU U^ - AUUAGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cpo-Mir-23-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046878 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGUUCCUGGCAUGCUGAUUU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cpo-Mir-23-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046879 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUCACAUUGCCAGGGAUUACCAC -60
Get sequence
|
