| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-23-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-23b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-23-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-23-P2 Ami-Mir-23-P2 Bta-Mir-23-P2 Cfa-Mir-23-P2 Cja-Mir-23-P2 Cli-Mir-23-P2 Cmi-Mir-23-P2 Cpo-Mir-23-P2 Dno-Mir-23-P2 Dre-Mir-23-P2a Dre-Mir-23-P2b Eca-Mir-23-P2 Ete-Mir-23-P2 Gga-Mir-23-P2 Gja-Mir-23-P2 Gmo-Mir-23-P2b Hsa-Mir-23-P2 Laf-Mir-23-P2 Lch-Mir-23-P2 Loc-Mir-23-P2 Mal-Mir-23-P2a Mal-Mir-23-P2b Mdo-Mir-23-P2 Mml-Mir-23-P2 Mmr-Mir-23-P2 Mmu-Mir-23-P2 Mun-Mir-23-P2 Neu-Mir-23-P2 Oan-Mir-23-P2 Ocu-Mir-23-P2 Pab-Mir-23-P2 Pbv-Mir-23-P2 Pma-Mir-23-o2 Rno-Mir-23-P2 Sha-Mir-23-P2 Spt-Mir-23-P2 Sto-Mir-23-P2 Tgu-Mir-23-P2 Tni-Mir-23-P2b Xla-Mir-23-P2c Xla-Mir-23-P2d Xtr-Mir-23-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584764: 1109160-1109219 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P2) |
Mir-24-P2
JH584764: 1108440-1108499 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P2 JH584764: 1108949-1109011 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P2 JH584764: 1109160-1109219 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACAAGUGUCCCUUAAUGUUGUGGCUGUUUGGGUUCCUGGCAUGCUGAUUUGUGAUUUAAGAUUAAAAUCACAUUGCCAGGGAUUACCACAUAACCAUGACUGUGCCUCCUAUUAUGAAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CACAAGUGUCCCUUAAU-- UG C U -- -| C GUGAUU GU UGG UGU UGG GUUCCUGGC AUG UGAUUU U CA ACC AUA ACC UAGGGACCG UAC ACUAAA A AAAGUAUUAUCCUCCGUGU GU A C AU U^ - AUUAGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cpi-Mir-23-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGUUCCUGGCAUGCUGAUUU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cpi-Mir-23-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0037656 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUCACAUUGCCAGGGAUUACCAC -60
Get sequence
|
