| MirGeneDB ID | Xla-Mir-96-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-96-P1c Xla-Mir-96-P1d Xla-Mir-96-P2c Xla-Mir-96-P2d Xla-Mir-96-P3c-v1 Xla-Mir-96-P3d-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-96-P3 Aga-Mir-96-P3 Agr-Mir-96-P3 Ami-Mir-96-P3-v1 Asu-Mir-96-P3 Bfl-Mir-96-P3 Bge-Mir-96-P3 Bko-Mir-96-P3 Bla-Mir-96-P3 Bpl-Mir-96-P3 Bta-Mir-96-P3-v1 Cbr-Mir-96-P3 Cel-Mir-96-P3 Cfa-Mir-96-P3-v1 Cin-Mir-96-P3 Cja-Mir-96-P3-v1 Cli-Mir-96-P3-v1 Cmi-Mir-96-P3-v1 Cpi-Mir-96-P3-v1 Cpo-Mir-96-P3-v1 Cte-Mir-96-P3 Dan-Mir-96-P3 Dgr-Mir-96-P3 Dlo-Mir-96-P3 Dma-Mir-96-P3 Dme-Mir-96-P3 Dmo-Mir-96-P3 Dno-Mir-96-P3-v1 Dpu-Mir-96-P3 Dsi-Mir-96-P3 Dya-Mir-96-P3 Eba-Mir-96-P3 Eca-Mir-96-P3-v1 Egr-Mir-96-P3 Ete-Mir-96-P3-v1 Gga-Mir-96-P3-v1 Gja-Mir-96-P3-v1 Gpa-Mir-96-P3 Gsp-Mir-96-P3 Hme-Mir-96-P3 Hru-Mir-96-P3 Hsa-Mir-96-P3-v1 Isc-Mir-96-P3 Lan-Mir-96-P3 Lch-Mir-96-P3 Lgi-Mir-96-P3 Lhy-Mir-96-P3 Llo-Mir-96-P3 Loc-Mir-96-P3-v1 Mdo-Mir-96-P3-v1 Mgi-Mir-96-P3 Mml-Mir-96-P3-v1 Mmr-Mir-96-P3-v1 Mmu-Mir-96-P3-v1 Mom-Mir-96-P3 Mun-Mir-96-P3-v1 Neu-Mir-96-P3-v1 Oan-Mir-96-P3-v1 Ocu-Mir-96-P3-v1 Ofu-Mir-96-P3 Pab-Mir-96-P3-v1 Pbv-Mir-96-P3-v1 Pca-Mir-96-P3 Pcr-Mir-96-P3 Pdu-Mir-96-P3 Pfl-Mir-96-P3 Pmi-Mir-96-P3 Pve-Mir-96-P3 Rno-Mir-96-P3-v1 Rph-Mir-96-P3 Sha-Mir-96-P3-v1 Sko-Mir-96-P3 Snu-Mir-96-P3 Spt-Mir-96-P3 Spu-Mir-96-P3 Sro-Mir-96-P3 Sto-Mir-96-P3-v1 Tca-Mir-96-P3 Tgu-Mir-96-P3 Tur-Mir-96-P3 War-Mir-96-P3 Xtr-Mir-96-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030729.1: 63429416-63429475 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-96-P3d-v2) |
Mir-96-P2d
NC_030729.1: 63424667-63424731 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-96-P1d NC_030729.1: 63428529-63428592 [-] UCSC Ensembl Mir-96-P3d-v1 NC_030729.1: 63429415-63429476 [-] UCSC Ensembl Mir-96-P3d-v2 NC_030729.1: 63429416-63429475 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Xla-Mir-96-P3d-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGGCACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCUGGGUGAGCAUCCCUCCUGUUCUGUGUAUGGCACUGGUAGAAUUCACUGUGAAAACACAAAAUCAGUGAAUUACCAUAGGGCCAUAAACAGAGCAGAGAAAGAACCACAAGACCACGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CGCUGGGUGAGCAUCCC- - G AC--| GA UGAAAA UC CUGUUCUGU UAUGGC UGGUA AUUCACUG C AG GACGAGACA AUACCG ACCAU UAAGUGAC A GCACCAGAACACCAAGAA A A GGAU^ -- UAAAAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-96-P3d-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGGCACUGGUAGAAUUCACUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xla-Mir-96-P3d-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046494 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGAAUUACCAUAGGGCCAUAA -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Xla-Mir-96-P3d-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGCUGGGUGAGCAUCCCUCCUGUUCUGUGUAUGGCACUGGUAGAAUUCACUGUGAAAACACAAAAUCAGUGAAUUACCAUAGGGCCAUAAACAGAGCAGAGAAAGAACCACAAGACCACGUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGCUGGGUGAGCAUCCC- - G AC--| GA GUGAAAA UC CUGUUCUGU UAUGGC UGGUA AUUCACU C AG GACGAGACA AUACCG ACCAU UAAGUGA A UGCACCAGAACACCAAGAA A A GGAU^ -- CUAAAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-96-P3d-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCACUGGUAGAAUUCACU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xla-Mir-96-P3d-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046494 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGAAUUACCAUAGGGCCAUAAA -62
Get sequence
|
