MirGeneDB ID | Xla-Mir-96-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xla-mir-96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-96-P1c Xla-Mir-96-P2c Xla-Mir-96-P2d Xla-Mir-96-P3c-v1 Xla-Mir-96-P3c-v2 Xla-Mir-96-P3d-v1 Xla-Mir-96-P3d-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-96-P1 Bfl-Mir-96-P1 Bla-Mir-96-P1 Bta-Mir-96-P1 Cfa-Mir-96-P1 Cin-Mir-96-P1 Cli-Mir-96-P1 Cmi-Mir-96-P1 Cpi-Mir-96-P1 Cpo-Mir-96-P1 Cte-Mir-96-P1 Dno-Mir-96-P1 Efe-Mir-96-P1 Ete-Mir-96-P1 Gga-Mir-96-P1 Gja-Mir-96-P1 Hsa-Mir-96-P1 Isc-Mir-96-P1 Lan-Mir-96-P1 Lch-Mir-96-P1 Loc-Mir-96-P1 Mdo-Mir-96-P1 Mml-Mir-96-P1 Mmu-Mir-96-P1 Mun-Mir-96-P1 Oan-Mir-96-P1 Ocu-Mir-96-P1 Pbv-Mir-96-P1 Pfl-Mir-96-P1 Pmi-Mir-96-P1 Rno-Mir-96-P1 Sha-Mir-96-P1 Sko-Mir-96-P1 Spt-Mir-96-P1 Spu-Mir-96-P1 Sto-Mir-96-P1 Tgu-Mir-96-P1 Xbo-Mir-96-P1 Xtr-Mir-96-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030729.1: 63428529-63428592 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-96-P1d) |
Mir-96-P2d
NC_030729.1: 63424667-63424731 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-96-P1d NC_030729.1: 63428529-63428592 [-] UCSC Ensembl Mir-96-P3d-v1 NC_030729.1: 63429415-63429476 [-] UCSC Ensembl Mir-96-P3d-v2 NC_030729.1: 63429416-63429475 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | NNNNNNNNNAGAGAACUCUGUCUGGCCUGCUUUGGCACUAGCACAUUUUUGCUUUUGUAUAUAUACUUUGAGCAAUUAUGUGUAGUGCCAAUAUAGGACAAUACAGAAUAUUCUGCAACUAGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 NNNNNNNNNAGAGAACU- C-| G CU G UU UUUGUAUA CUGU UG CCUG UUGGCACUA CACAU UUGCU \ GACA AC GGAU AACCGUGAU GUGUA AACGA U CCGAUCAACGUCUUAUAA UA^ A AU - UU GUUUCAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Xla-Mir-96-P1d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0046615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUGGCACUAGCACAUUUUUGCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Xla-Mir-96-P1d_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0046616 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CAAUUAUGUGUAGUGCCAAUAU -64
Get sequence
|