| MirGeneDB ID | Xla-Mir-96-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-96-P1d Xla-Mir-96-P2c Xla-Mir-96-P2d Xla-Mir-96-P3c-v1 Xla-Mir-96-P3d-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-96-P1 Ava-Mir-96-o1 Bfl-Mir-96-P1 Bla-Mir-96-P1 Bta-Mir-96-P1 Cfa-Mir-96-P1 Cin-Mir-96-P1 Cja-Mir-96-P1 Cli-Mir-96-P1 Cmi-Mir-96-P1 Cpi-Mir-96-P1 Cpo-Mir-96-P1 Cte-Mir-96-P1 Dno-Mir-96-P1 Eba-Mir-96-P1 Eca-Mir-96-P1 Efe-Mir-96-P1 Egr-Mir-96-P1 Ete-Mir-96-P1 Gga-Mir-96-P1 Gja-Mir-96-P1 Hsa-Mir-96-P1 Isc-Mir-96-P1 Laf-Mir-96-P1 Lan-Mir-96-P1 Lch-Mir-96-P1 Lhy-Mir-96-P1 Llo-Mir-96-P1 Loc-Mir-96-P1 Mdo-Mir-96-P1 Mml-Mir-96-P1 Mmr-Mir-96-P1 Mmu-Mir-96-P1 Mun-Mir-96-P1 Neu-Mir-96-P1 Oan-Mir-96-P1 Ocu-Mir-96-P1 Pab-Mir-96-P1 Pau-Mir-96-P1 Pbv-Mir-96-P1 Pca-Mir-96-P1 Pcr-Mir-96-P1 Pfl-Mir-96-P1 Pmi-Mir-96-P1 Rno-Mir-96-P1 Sha-Mir-96-P1 Sko-Mir-96-P1 Sma-Mir-96-P1 Snu-Mir-96-P1 Spt-Mir-96-P1 Spu-Mir-96-P1 Sro-Mir-96-P1 Sto-Mir-96-P1 Tgu-Mir-96-P1 War-Mir-96-P1 Xbo-Mir-96-P1 Xtr-Mir-96-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030728.1: 77406980-77407043 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-96-P1c) |
Mir-96-P3c-v1
NC_030728.1: 77405965-77406026 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-96-P3c-v2 NC_030728.1: 77405966-77406025 [+] UCSC Ensembl Mir-96-P1c NC_030728.1: 77406980-77407043 [+] UCSC Ensembl Mir-96-P2c NC_030728.1: 77410428-77410492 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCAUCUGGAGAGAACUCUGUCUGGCCUGCUUUGGCACUAGCACAUUUUUGCUUUUGUACAUAUACUUUGAGCAAUUAUGUGUAGUGCCAAUAUAGGACAACACAGAAAAUUCUGCAGCUAGACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGCAUCUGGAGAGAACU- C-| G CU G UU UUUGUACA CUGU UG CCUG UUGGCACUA CACAU UUGCU \ GACA AC GGAU AACCGUGAU GUGUA AACGA U CAGAUCGACGUCUUAAAA CA^ A AU - UU GUUUCAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-96-P1c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGGCACUAGCACAUUUUUGCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xla-Mir-96-P1c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CAAUUAUGUGUAGUGCCAAUAU -64
Get sequence
|
