MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Pfl-Mir-29-P1

Family name MIR-29 (all species)
Species Ptychodera (Ptychodera flava)
MiRBase ID
Paralogues Pfl-Mir-29-P2 
Orthologues Aae-Mir-29-P1  Aca-Mir-29-P1b-v1  Aca-Mir-29-P1d-v1  Aga-Mir-29-P1  Agr-Mir-29-P1  Ami-Mir-29-P1b-v1  Ami-Mir-29-P1d-v1  Asu-Mir-29-P1  Bfl-Mir-29-P1  Bge-Mir-29-P1k  Bge-Mir-29-P1l  Bla-Mir-29-P1  Bta-Mir-29-P1b-v1  Bta-Mir-29-P1d7-v1  Bta-Mir-29-P1d8-v1  Cbr-Mir-29-P1  Cel-Mir-29-P1  Cfa-Mir-29-P1b-v1  Cfa-Mir-29-P1d-v1  Cin-Mir-29-o1  Cja-Mir-29-P1b-v1  Cja-Mir-29-P1d-v1  Cli-Mir-29-P1b-v1  Cli-Mir-29-P1d-v1  Cmi-Mir-29-P1b  Cmi-Mir-29-P1d  Cpi-Mir-29-P1b-v1  Cpi-Mir-29-P1d-v1  Cpo-Mir-29-P1b-v1  Cpo-Mir-29-P1d-v1  Csc-Mir-29-P1  Cte-Mir-29-P1  Dan-Mir-29-P1  Dgr-Mir-29-P1  Dlo-Mir-29-P1  Dma-Mir-29-P1  Dme-Mir-29-P1  Dmo-Mir-29-P1  Dno-Mir-29-P1b-v1  Dno-Mir-29-P1d-v1  Dpu-Mir-29-P1  Dre-Mir-29-P1b1  Dre-Mir-29-P1d1  Dre-Mir-29-P1d2  Dsi-Mir-29-P1  Dya-Mir-29-P1  Eba-Mir-29-P1  Ebu-Mir-29-P1e  Ebu-Mir-29-P1f  Eca-Mir-29-P1b-v1  Eca-Mir-29-P1d-v1  Efe-Mir-29-P1i  Efe-Mir-29-P1j  Esc-Mir-29-P1  Ete-Mir-29-P1b-v1  Ete-Mir-29-P1d-v1  Gga-Mir-29-P1b-v1  Gga-Mir-29-P1d-v1  Gja-Mir-29-P1b-v1  Gja-Mir-29-P1d-v1  Gmo-Mir-29-P1b1  Gmo-Mir-29-P1b2  Gmo-Mir-29-P1d1  Gmo-Mir-29-P1d2  Gpa-Mir-29-P1  Gsp-Mir-29  Hme-Mir-29-P1  Hru-Mir-29-P1  Hsa-Mir-29-P1b-v1  Hsa-Mir-29-P1d-v1  Isc-Mir-29-P1  Laf-Mir-29-P1b-v1  Laf-Mir-29-P1d-v1  Lan-Mir-29-P1g  Lan-Mir-29-P1h  Lch-Mir-29-P1b  Lch-Mir-29-P1d  Lhy-Mir-29-P1  Llo-Mir-29-P1  Loc-Mir-29-P1b-v1  Loc-Mir-29-P1d  Lpo-Mir-29-P1m  Lpo-Mir-29-P1n  Mal-Mir-29-P1b1-v1  Mal-Mir-29-P1b2-v1  Mal-Mir-29-P1d1  Mal-Mir-29-P1d2-v1  Mdo-Mir-29-P1b-v1  Mdo-Mir-29-P1d-v1  Mgi-Mir-29-P1  Mml-Mir-29-P1b-v1  Mml-Mir-29-P1d-v1  Mmr-Mir-29-P1b-v1  Mmr-Mir-29-P1d-v1  Mmu-Mir-29-P1b-v1  Mmu-Mir-29-P1d-v1  Mom-Mir-29-P1  Mun-Mir-29-P1b  Mun-Mir-29-P1d-v1  Neu-Mir-29-P1b-v1  Npo-Mir-29-P1  Oan-Mir-29-P1b-v1  Oan-Mir-29-P1d-v1  Obi-Mir-29-P1  Ocu-Mir-29-P1b-v1  Ocu-Mir-29-P1d-v1  Ofu-Mir-29-P1  Ovu-Mir-29-P1  Pab-Mir-29-P1b-v1  Pab-Mir-29-P1d-v1  Pau-Mir-29-P1  Pbv-Mir-29-P1b-v1  Pbv-Mir-29-P1d-v1  Pcr-Mir-29-P1  Pdu-Mir-29-P1  Pma-Mir-29-P1o1  Pma-Mir-29-P1o2  Pmi-Mir-29-P1  Pve-Mir-29-P1  Rno-Mir-29-P1b-v1  Rno-Mir-29-P1d5-v1  Rno-Mir-29-P1d6-v1  Rph-Mir-29-P1  Sha-Mir-29-P1b-v1  Sha-Mir-29-P1d-v1  Sko-Mir-29-P1  Snu-Mir-29-P1  Spt-Mir-29-P1b  Spt-Mir-29-P1d  Spu-Mir-29-P1  Sro-Mir-29-P1p1  Sro-Mir-29-P1p2  Sto-Mir-29-P1b  Sto-Mir-29-P1d  Tca-Mir-29-P1  Tgu-Mir-29-P1b-v1  Tgu-Mir-29-P1d-v1  Tni-Mir-29-P1b1  Tni-Mir-29-P1b2  Tni-Mir-29-P1d1  Tni-Mir-29-P1d2  Tur-Mir-29-P1  War-Mir-29-P1  Xbo-Mir-29-P1  Xla-Mir-29-P1b3  Xla-Mir-29-P1b4  Xla-Mir-29-P1d3  Xla-Mir-29-P1d4  Xtr-Mir-29-P1b-v1  Xtr-Mir-29-P1d 
Node of Origin (locus) Bilateria
Node of Origin (family) Bilateria
Genome context
(Pfl)		 LD346879.1: 78304-78364 [+]
Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-29-P1)		 Mir-29-P1 LD346879.1: 78304-78364 [+]
Mir-29-P2 LD346879.1: 81562-81623 [+]
Seed AGCACCA
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)		 
CAGAUAACCUGGGAUAUGUGAGCUAGGAACCUGAUUUCAAGCGGUGGAUAGAUUUCCACAACAAAAGUCUAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUCCCUAGCUCAAUAAUACACUACCAUGCCAA
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30         40        50          
CAGAUAACCUGGGAUAUG--         A  -|          C    GA    UUUCCAC 
                    UGAGCUAGG AC CUGAUUUCAAG GGUG  UAGA       \
                    ACUCGAUCC UG GACUAAAGUUU CCAC  AUCU       A
AACCGUACCAUCACAUAAUA         C  U^          A    G-    GAAAACA 
 .       110       100        90        80         70
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsUG at 5p(-14)
Tissue expression
- +
To
Star sequence

Pfl-Mir-29-P1_5p*
mirBase accessionNone
Sequence 
0- CUGAUUUCAAGCGGUGGAUAGA -22
Get sequence
Mature sequence

Pfl-Mir-29-P1_3p
mirBase accessionNone
Sequence 
39- UAGCACCAUUUGAAAUCAGUGU -61
Get sequence