| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-29-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-29b-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-29-P1b-v1 Mmu-Mir-29-P2b Mmu-Mir-29-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-29-P1 Aca-Mir-29-P1d-v1 Aga-Mir-29-P1 Agr-Mir-29-P1 Ami-Mir-29-P1d-v1 Asu-Mir-29-P1 Bfl-Mir-29-P1 Bla-Mir-29-P1 Bta-Mir-29-P1d7-v1 Bta-Mir-29-P1d8-v1 Cbr-Mir-29-P1 Cel-Mir-29-P1 Cfa-Mir-29-P1d-v1 Cin-Mir-29-o1 Cja-Mir-29-P1d-v1 Cli-Mir-29-P1d-v1 Cmi-Mir-29-P1d Cpi-Mir-29-P1d-v1 Cpo-Mir-29-P1d-v1 Csc-Mir-29-P1 Cte-Mir-29-P1 Dan-Mir-29-P1 Dgr-Mir-29-P1 Dlo-Mir-29-P1 Dma-Mir-29-P1 Dme-Mir-29-P1 Dmo-Mir-29-P1 Dno-Mir-29-P1d-v1 Dpu-Mir-29-P1 Dre-Mir-29-P1d1 Dre-Mir-29-P1d2 Dsi-Mir-29-P1 Dya-Mir-29-P1 Eba-Mir-29-P1 Eca-Mir-29-P1d-v1 Esc-Mir-29-P1 Ete-Mir-29-P1d-v1 Gga-Mir-29-P1d-v1 Gja-Mir-29-P1d-v1 Gmo-Mir-29-P1d1 Gmo-Mir-29-P1d2 Gpa-Mir-29-P1 Gsp-Mir-29 Hme-Mir-29-P1 Hru-Mir-29-P1 Hsa-Mir-29-P1d-v1 Isc-Mir-29-P1 Laf-Mir-29-P1d-v1 Lch-Mir-29-P1d Lhy-Mir-29-P1 Llo-Mir-29-P1 Loc-Mir-29-P1d Mal-Mir-29-P1d1 Mal-Mir-29-P1d2-v1 Mdo-Mir-29-P1d-v1 Mgi-Mir-29-P1 Mml-Mir-29-P1d-v1 Mmr-Mir-29-P1d-v1 Mom-Mir-29-P1 Mun-Mir-29-P1d-v1 Npo-Mir-29-P1 Oan-Mir-29-P1d-v1 Obi-Mir-29-P1 Ocu-Mir-29-P1d-v1 Ofu-Mir-29-P1 Ovu-Mir-29-P1 Pab-Mir-29-P1d-v1 Pau-Mir-29-P1 Pbv-Mir-29-P1d-v1 Pcr-Mir-29-P1 Pdu-Mir-29-P1 Pfl-Mir-29-P1 Pmi-Mir-29-P1 Pve-Mir-29-P1 Rno-Mir-29-P1d5-v1 Rno-Mir-29-P1d6-v1 Rph-Mir-29-P1 Sha-Mir-29-P1d-v1 Sko-Mir-29-P1 Snu-Mir-29-P1 Spt-Mir-29-P1d Spu-Mir-29-P1 Sto-Mir-29-P1d Tca-Mir-29-P1 Tgu-Mir-29-P1d-v1 Tni-Mir-29-P1d1 Tni-Mir-29-P1d2 Tur-Mir-29-P1 War-Mir-29-P1 Xbo-Mir-29-P1 Xla-Mir-29-P1d3 Xla-Mir-29-P1d4 Xtr-Mir-29-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr1: 195037049-195037113 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P1d-v1) |
Mir-29-P1d-v1
chr1: 195037049-195037113 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-29-P1d-v2 chr1: 195037050-195037112 [+] UCSC Ensembl Mir-29-P2d chr1: 195037564-195037621 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Mmu-Mir-29-P1d-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUCUUCAGUGAGAUCCUCUUCUUCUGGAAGCUGGUUUCACAUGGUGGCUUAGAUUUUUCCAUCUUUGUAUCUAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUUUUAGGAGUAAGAAUUGCAGCACAGCAGAGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUCUUCAGUGAGAUCC- - -| C G U UUUUUCC UCUU CUUCUGGAA GCUGGUUUCA AUGGUG CU AGA A AGAA GAGGAUUUU UGACUAAAGU UACCAC GA UCU U GGAGACGACACGACGUUA U G^ U - - AUGUUUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmu-Mir-29-P1d-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0017063 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUGGUUUCACAUGGUGGCUUAGA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-29b-2-5p miRDB: MIMAT0017063 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmu-Mir-29-P1d-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0000127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUU -65
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000127 TargetScanVert: mmu-miR-29b-3p miRDB: MIMAT0000127 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Mmu-Mir-29-P1d-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCUUCAGUGAGAUCCUCUUCUUCUGGAAGCUGGUUUCACAUGGUGGCUUAGAUUUUUCCAUCUUUGUAUCUAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUUUUAGGAGUAAGAAUUGCAGCACAGCAGAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCUUCAGUGAGAUCCU- - -| C G U UUUUCC CUU CUUCUGGAA GCUGGUUUCA AUGGUG CU AGAU A GAA GAGGAUUUU UGACUAAAGU UACCAC GA UCUA U GAGACGACACGACGUUAA U G^ U - - UGUUUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Drosha cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmu-Mir-29-P1d-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0017063 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGGUUUCACAUGGUGGCUUAGAU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-29b-2-5p miRDB: MIMAT0017063 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmu-Mir-29-P1d-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0000127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CUAGCACCAUUUGAAAUCAGUGU -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000127 TargetScanVert: mmu-miR-29b-3p miRDB: MIMAT0000127 |
