MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Bfl-Mir-29-P1

Family name MIR-29 (all species)
Species Florida lancelet (Branchiostoma floridae)
MiRBase ID bfl-mir-29b
Paralogues Bfl-Mir-29-P2 
Orthologues Aae-Mir-29-P1  Aca-Mir-29-P1b-v1  Aca-Mir-29-P1d-v1  Aga-Mir-29-P1  Agr-Mir-29-P1  Ami-Mir-29-P1b-v1  Ami-Mir-29-P1d-v1  Asu-Mir-29-P1  Bge-Mir-29-P1k  Bge-Mir-29-P1l  Bla-Mir-29-P1  Bta-Mir-29-P1b-v1  Bta-Mir-29-P1d7-v1  Bta-Mir-29-P1d8-v1  Cbr-Mir-29-P1  Cel-Mir-29-P1  Cfa-Mir-29-P1b-v1  Cfa-Mir-29-P1d-v1  Cin-Mir-29-o1  Cja-Mir-29-P1b-v1  Cja-Mir-29-P1d-v1  Cli-Mir-29-P1b-v1  Cli-Mir-29-P1d-v1  Cmi-Mir-29-P1b  Cmi-Mir-29-P1d  Cpi-Mir-29-P1b-v1  Cpi-Mir-29-P1d-v1  Cpo-Mir-29-P1b-v1  Cpo-Mir-29-P1d-v1  Csc-Mir-29-P1  Cte-Mir-29-P1  Dan-Mir-29-P1  Dgr-Mir-29-P1  Dlo-Mir-29-P1  Dma-Mir-29-P1  Dme-Mir-29-P1  Dmo-Mir-29-P1  Dno-Mir-29-P1b-v1  Dno-Mir-29-P1d-v1  Dpu-Mir-29-P1  Dre-Mir-29-P1b1  Dre-Mir-29-P1d1  Dre-Mir-29-P1d2  Dsi-Mir-29-P1  Dya-Mir-29-P1  Eba-Mir-29-P1  Ebu-Mir-29-P1e  Ebu-Mir-29-P1f  Eca-Mir-29-P1b-v1  Eca-Mir-29-P1d-v1  Efe-Mir-29-P1i  Efe-Mir-29-P1j  Esc-Mir-29-P1  Ete-Mir-29-P1b-v1  Ete-Mir-29-P1d-v1  Gga-Mir-29-P1b-v1  Gga-Mir-29-P1d-v1  Gja-Mir-29-P1b-v1  Gja-Mir-29-P1d-v1  Gmo-Mir-29-P1b1  Gmo-Mir-29-P1b2  Gmo-Mir-29-P1d1  Gmo-Mir-29-P1d2  Gpa-Mir-29-P1  Gsp-Mir-29  Hme-Mir-29-P1  Hru-Mir-29-P1  Hsa-Mir-29-P1b-v1  Hsa-Mir-29-P1d-v1  Isc-Mir-29-P1  Laf-Mir-29-P1b-v1  Laf-Mir-29-P1d-v1  Lan-Mir-29-P1g  Lan-Mir-29-P1h  Lch-Mir-29-P1b  Lch-Mir-29-P1d  Lhy-Mir-29-P1  Llo-Mir-29-P1  Loc-Mir-29-P1b-v1  Loc-Mir-29-P1d  Lpo-Mir-29-P1m  Lpo-Mir-29-P1n  Mal-Mir-29-P1b1-v1  Mal-Mir-29-P1b2-v1  Mal-Mir-29-P1d1  Mal-Mir-29-P1d2-v1  Mdo-Mir-29-P1b-v1  Mdo-Mir-29-P1d-v1  Mgi-Mir-29-P1  Mml-Mir-29-P1b-v1  Mml-Mir-29-P1d-v1  Mmr-Mir-29-P1b-v1  Mmr-Mir-29-P1d-v1  Mmu-Mir-29-P1b-v1  Mmu-Mir-29-P1d-v1  Mom-Mir-29-P1  Mun-Mir-29-P1b  Mun-Mir-29-P1d-v1  Neu-Mir-29-P1b-v1  Npo-Mir-29-P1  Oan-Mir-29-P1b-v1  Oan-Mir-29-P1d-v1  Obi-Mir-29-P1  Ocu-Mir-29-P1b-v1  Ocu-Mir-29-P1d-v1  Ofu-Mir-29-P1  Ovu-Mir-29-P1  Pab-Mir-29-P1b-v1  Pab-Mir-29-P1d-v1  Pau-Mir-29-P1  Pbv-Mir-29-P1b-v1  Pbv-Mir-29-P1d-v1  Pcr-Mir-29-P1  Pdu-Mir-29-P1  Pfl-Mir-29-P1  Pma-Mir-29-P1o1  Pma-Mir-29-P1o2  Pmi-Mir-29-P1  Pve-Mir-29-P1  Rno-Mir-29-P1b-v1  Rno-Mir-29-P1d5-v1  Rno-Mir-29-P1d6-v1  Rph-Mir-29-P1  Sha-Mir-29-P1b-v1  Sha-Mir-29-P1d-v1  Sko-Mir-29-P1  Snu-Mir-29-P1  Spt-Mir-29-P1b  Spt-Mir-29-P1d  Spu-Mir-29-P1  Sro-Mir-29-P1p1  Sro-Mir-29-P1p2  Sto-Mir-29-P1b  Sto-Mir-29-P1d  Tca-Mir-29-P1  Tgu-Mir-29-P1b-v1  Tgu-Mir-29-P1d-v1  Tni-Mir-29-P1b1  Tni-Mir-29-P1b2  Tni-Mir-29-P1d1  Tni-Mir-29-P1d2  Tur-Mir-29-P1  War-Mir-29-P1  Xbo-Mir-29-P1  Xla-Mir-29-P1b3  Xla-Mir-29-P1b4  Xla-Mir-29-P1d3  Xla-Mir-29-P1d4  Xtr-Mir-29-P1b-v1  Xtr-Mir-29-P1d 
Node of Origin (locus) Bilateria
Node of Origin (family) Bilateria
Genome context
(GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic)		 539444465_AFPZ577358: 742-800 [-] UCSC
Seed AGCACCA
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)		 
CCUGGCACUGCAGGUUUUCUAUCCUGGAAGACUGGUUCCAAGUGGUGGGUAGAUGGCACUGAGAUCUAGCACCAUUUGAAAUCAGUGCUUUCAGGACUAGCCCUUGCUGCUUCUGUGCA
Get precursor sequence
Structure
        10         20         30         40        50         
CCUGGCACUGCAGGUUUU-   -         -|      C         GG    UGGCA 
                   CUA UCCUGGAAG ACUGGUU CAAGUGGUG  UAGA     \
                   GAU AGGACUUUC UGACUAA GUUUACCAC  AUCU     C
ACGUGUCUUCGUCGUUCCC   C         G^      A         G-    AGAGU 
       110       100        90        80        70         60
Deep sequencing
Go to detailed chart
CommentNot in assembly but in trace archive.
3' NTU No
MotifsCNNC at 3p(+17)
Tissue expression
- +
To
Star sequence

Bfl-Mir-29-P1_5p*
mirBase accessionMIMAT0019140
Sequence 
0- ACUGGUUCCAAGUGGUGGGUAGA -23
Get sequence
Mature sequence

Bfl-Mir-29-P1_3p
mirBase accessionMIMAT0009472
Sequence 
36- UAGCACCAUUUGAAAUCAGUGCU -59
Get sequence