| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-29-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-29d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-29-P1d Xtr-Mir-29-P2b Xtr-Mir-29-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-29-P1 Aca-Mir-29-P1b-v1 Aga-Mir-29-P1 Agr-Mir-29-P1 Ami-Mir-29-P1b-v1 Asu-Mir-29-P1 Bfl-Mir-29-P1 Bla-Mir-29-P1 Bta-Mir-29-P1b-v1 Cbr-Mir-29-P1 Cel-Mir-29-P1 Cfa-Mir-29-P1b-v1 Cin-Mir-29-o1 Cja-Mir-29-P1b-v1 Cli-Mir-29-P1b-v1 Cmi-Mir-29-P1b Cpi-Mir-29-P1b-v1 Cpo-Mir-29-P1b-v1 Csc-Mir-29-P1 Cte-Mir-29-P1 Dan-Mir-29-P1 Dgr-Mir-29-P1 Dlo-Mir-29-P1 Dma-Mir-29-P1 Dme-Mir-29-P1 Dmo-Mir-29-P1 Dno-Mir-29-P1b-v1 Dpu-Mir-29-P1 Dre-Mir-29-P1b1 Dsi-Mir-29-P1 Dya-Mir-29-P1 Eba-Mir-29-P1 Eca-Mir-29-P1b-v1 Esc-Mir-29-P1 Ete-Mir-29-P1b-v1 Gga-Mir-29-P1b-v1 Gja-Mir-29-P1b-v1 Gmo-Mir-29-P1b1 Gmo-Mir-29-P1b2 Gpa-Mir-29-P1 Gsp-Mir-29 Hme-Mir-29-P1 Hru-Mir-29-P1 Hsa-Mir-29-P1b-v1 Isc-Mir-29-P1 Laf-Mir-29-P1b-v1 Lch-Mir-29-P1b Lhy-Mir-29-P1 Llo-Mir-29-P1 Loc-Mir-29-P1b-v1 Mal-Mir-29-P1b1-v1 Mal-Mir-29-P1b2-v1 Mdo-Mir-29-P1b-v1 Mgi-Mir-29-P1 Mml-Mir-29-P1b-v1 Mmr-Mir-29-P1b-v1 Mmu-Mir-29-P1b-v1 Mom-Mir-29-P1 Mun-Mir-29-P1b Neu-Mir-29-P1b-v1 Npo-Mir-29-P1 Oan-Mir-29-P1b-v1 Obi-Mir-29-P1 Ocu-Mir-29-P1b-v1 Ofu-Mir-29-P1 Ovu-Mir-29-P1 Pab-Mir-29-P1b-v1 Pau-Mir-29-P1 Pbv-Mir-29-P1b-v1 Pcr-Mir-29-P1 Pdu-Mir-29-P1 Pfl-Mir-29-P1 Pmi-Mir-29-P1 Pve-Mir-29-P1 Rno-Mir-29-P1b-v1 Rph-Mir-29-P1 Sha-Mir-29-P1b-v1 Sko-Mir-29-P1 Snu-Mir-29-P1 Spt-Mir-29-P1b Spu-Mir-29-P1 Sto-Mir-29-P1b Tca-Mir-29-P1 Tgu-Mir-29-P1b-v1 Tni-Mir-29-P1b1 Tni-Mir-29-P1b2 Tur-Mir-29-P1 War-Mir-29-P1 Xbo-Mir-29-P1 Xla-Mir-29-P1b3 Xla-Mir-29-P1b4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr3: 75127548-75127611 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P1b-v1) |
Mir-29-P2b
chr3: 75124890-75124947 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-29-P1b-v1 chr3: 75127548-75127611 [-] UCSC Ensembl Mir-29-P1b-v2 chr3: 75127549-75127610 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xtr-Mir-29-P1b-v1 |
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| Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACUAAGAGUGAAAGUCACUUUUUCAGGAGGCUGGUUUCAUGUGGUGGUUUAGAUUUAACUGCACAAUGUCUAGCACCAUAUGAAAUCAGUGUCCUUAGAAGGAGAAUUCCUGCACUACCAAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AACUAAGAGUGAAAGUCA- --| G GU UUUAACU CUUUUUC AGGA GCUGGUUUCAUGUGGUG UUAGA \ GAGGAAG UCCU UGACUAAAGUAUACCAC GAUCU G CAAACCAUCACGUCCUUAA AU^ G -- GUAACAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-29-P1b-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUGGUUUCAUGUGGUGGUUUAGA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Xtr-Mir-29-P1b-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003572 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAGCACCAUAUGAAAUCAGUGUC -64
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-29d |
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| Variant | Xtr-Mir-29-P1b-v2 |
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| Seed | UAGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUAAGAGUGAAAGUCACUUUUUCAGGAGGCUGGUUUCAUGUGGUGGUUUAGAUUUAACUGCACAAUGUCUAGCACCAUAUGAAAUCAGUGUCCUUAGAAGGAGAAUUCCUGCACUACCAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACUAAGAGUGAAAGUCA- --| G GU UUAACU CUUUUUC AGGA GCUGGUUUCAUGUGGUG UUAGAU \ GAGGAAG UCCU UGACUAAAGUAUACCAC GAUCUG G AAACCAUCACGUCCUUAA AU^ G -- UAACAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-29-P1b-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGGUUUCAUGUGGUGGUUUAGAU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Xtr-Mir-29-P1b-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003572 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUAGCACCAUAUGAAAUCAGUGU -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-29d |
