| MirGeneDB ID | Ami-Mir-29-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-29b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-29-P1d-v1 Ami-Mir-29-P2b Ami-Mir-29-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-29-P1 Aca-Mir-29-P1b-v1 Aga-Mir-29-P1 Agr-Mir-29-P1 Asu-Mir-29-P1 Bfl-Mir-29-P1 Bla-Mir-29-P1 Bta-Mir-29-P1b-v1 Cbr-Mir-29-P1 Cel-Mir-29-P1 Cfa-Mir-29-P1b-v1 Cin-Mir-29-o1 Cja-Mir-29-P1b-v1 Cli-Mir-29-P1b-v1 Cmi-Mir-29-P1b Cpi-Mir-29-P1b-v1 Cpo-Mir-29-P1b-v1 Csc-Mir-29-P1 Cte-Mir-29-P1 Dan-Mir-29-P1 Dgr-Mir-29-P1 Dlo-Mir-29-P1 Dma-Mir-29-P1 Dme-Mir-29-P1 Dmo-Mir-29-P1 Dno-Mir-29-P1b-v1 Dpu-Mir-29-P1 Dre-Mir-29-P1b1 Dsi-Mir-29-P1 Dya-Mir-29-P1 Eba-Mir-29-P1 Eca-Mir-29-P1b-v1 Esc-Mir-29-P1 Ete-Mir-29-P1b-v1 Gga-Mir-29-P1b-v1 Gja-Mir-29-P1b-v1 Gmo-Mir-29-P1b1 Gmo-Mir-29-P1b2 Gpa-Mir-29-P1 Gsp-Mir-29 Hme-Mir-29-P1 Hru-Mir-29-P1 Hsa-Mir-29-P1b-v1 Isc-Mir-29-P1 Laf-Mir-29-P1b-v1 Lch-Mir-29-P1b Lhy-Mir-29-P1 Llo-Mir-29-P1 Loc-Mir-29-P1b-v1 Mal-Mir-29-P1b1-v1 Mal-Mir-29-P1b2-v1 Mdo-Mir-29-P1b-v1 Mgi-Mir-29-P1 Mml-Mir-29-P1b-v1 Mmr-Mir-29-P1b-v1 Mmu-Mir-29-P1b-v1 Mom-Mir-29-P1 Mun-Mir-29-P1b Neu-Mir-29-P1b-v1 Npo-Mir-29-P1 Oan-Mir-29-P1b-v1 Obi-Mir-29-P1 Ocu-Mir-29-P1b-v1 Ofu-Mir-29-P1 Ovu-Mir-29-P1 Pab-Mir-29-P1b-v1 Pau-Mir-29-P1 Pbv-Mir-29-P1b-v1 Pcr-Mir-29-P1 Pdu-Mir-29-P1 Pfl-Mir-29-P1 Pmi-Mir-29-P1 Pve-Mir-29-P1 Rno-Mir-29-P1b-v1 Rph-Mir-29-P1 Sha-Mir-29-P1b-v1 Sko-Mir-29-P1 Snu-Mir-29-P1 Spt-Mir-29-P1b Spu-Mir-29-P1 Sto-Mir-29-P1b Tca-Mir-29-P1 Tgu-Mir-29-P1b-v1 Tni-Mir-29-P1b1 Tni-Mir-29-P1b2 Tur-Mir-29-P1 War-Mir-29-P1 Xbo-Mir-29-P1 Xla-Mir-29-P1b3 Xla-Mir-29-P1b4 Xtr-Mir-29-P1b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017709854.1: 24298584-24298647 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P1b-v1) |
Mir-29-P2b
NW_017709854.1: 24295656-24295715 [-]
UCSC
Mir-29-P1b-v1 NW_017709854.1: 24298584-24298647 [-] UCSC Mir-29-P1b-v2 NW_017709854.1: 24298585-24298646 [-] UCSC |
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| Variant | Ami-Mir-29-P1b-v1 |
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| Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAGAAAAUGAUCUAAAGCUCCUUCAGGAAGCUGGUUUCAUAUGGUGGUUUAGAUUUAACUACUUAUUGUCUAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUUCUUGGAGGAAGAAUGGCUGCCCUGUUGUCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUAGAAAAUGAUCUAAAGC-- -| U GU UUUAACU UCCUUCAGGAA GCUGGUUUCA AUGGUG UUAGA \ AGGAGGUUCUU UGACUAAAGU UACCAC GAUCU A UCUGUUGUCCCGUCGGUAAGA G^ U -- GUUAUUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-29-P1b-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038074 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUGGUUUCAUAUGGUGGUUUAGA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ami-Mir-29-P1b-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038075 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUU -64
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Ami-Mir-29-P1b-v2 |
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| Seed | UGGUUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGAAAAUGAUCUAAAGCUCCUUCAGGAAGCUGGUUUCAUAUGGUGGUUUAGAUUUAACUACUUAUUGUCUAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUUCUUGGAGGAAGAAUGGCUGCCCUGUUGUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAGAAAAUGAUCUAAAGC-- -| U GU UUAACU UCCUUCAGGAA GCUGGUUUCA AUGGUG UUAGAU \ AGGAGGUUCUU UGACUAAAGU UACCAC GAUCUG A CUGUUGUCCCGUCGGUAAGA G^ U -- UUAUUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-29-P1b-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038074 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGGUUUCAUAUGGUGGUUUAGAU -24
Get sequence
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| Co-mature sequence | Ami-Mir-29-P1b-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038075 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUAGCACCAUUUGAAAUCAGUGU -62
Get sequence
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