| MirGeneDB ID | Sro-Mir-29-P1p1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roscoff worm (Symsagittifera roscoffensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sro-Mir-29-P1p2 Sro-Mir-29-P2p1 Sro-Mir-29-P2p2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-29-P1 Aga-Mir-29-P1 Agr-Mir-29-P1 Asu-Mir-29-P1 Bfl-Mir-29-P1 Bla-Mir-29-P1 Cbr-Mir-29-P1 Cel-Mir-29-P1 Cin-Mir-29-o1 Csc-Mir-29-P1 Cte-Mir-29-P1 Dan-Mir-29-P1 Dgr-Mir-29-P1 Dlo-Mir-29-P1 Dma-Mir-29-P1 Dme-Mir-29-P1 Dmo-Mir-29-P1 Dpu-Mir-29-P1 Dsi-Mir-29-P1 Dya-Mir-29-P1 Eba-Mir-29-P1 Esc-Mir-29-P1 Gpa-Mir-29-P1 Gsp-Mir-29 Hme-Mir-29-P1 Hru-Mir-29-P1 Isc-Mir-29-P1 Lhy-Mir-29-P1 Llo-Mir-29-P1 Mgi-Mir-29-P1 Mom-Mir-29-P1 Npo-Mir-29-P1 Obi-Mir-29-P1 Ofu-Mir-29-P1 Ovu-Mir-29-P1 Pau-Mir-29-P1 Pcr-Mir-29-P1 Pdu-Mir-29-P1 Pfl-Mir-29-P1 Pmi-Mir-29-P1 Pve-Mir-29-P1 Rph-Mir-29-P1 Sko-Mir-29-P1 Snu-Mir-29-P1 Spu-Mir-29-P1 Tca-Mir-29-P1 Tur-Mir-29-P1 War-Mir-29-P1 Xbo-Mir-29-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. roscoffensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_025153585.1_SymRos_1_5_genomic) |
JANVAR010000541.1: 103104-103159 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P1p1) |
Mir-29-P2p1
JANVAR010000541.1: 102958-103014 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-29-P2p2 JANVAR010000541.1: 102958-103014 [-] UCSC Ensembl Mir-29-P1p1 JANVAR010000541.1: 103104-103159 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGAUCUCAAGUCAGCUGUAACCUGCCGGUCUGGUUUCACGUGGUUAUUAGCCGGAAAAGAGCUAGCACCACGUCAUACCAGACCAAAAAAUCCAGGACAGUUUUCAUAAAUUGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGAGAUCUCAAGUCAGCUGUAA CC------| UUC UA CGGA CCUG GGUCUGGU ACGUGGU UUAGC \ GGAC CCAGACCA UGCACCA GAUCG A GGUUAAAUACUUUUGACA---- CUAAAAAA^ UAC C- AGAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sro-Mir-29-P1p1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUGGUUUCACGUGGUUAUUAGC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sro-Mir-29-P1p1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UAGCACCACGUCAUACCAGACC -56
Get sequence
|
