| MirGeneDB ID | Lan-Mir-29-P1h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lingula (Lingula anatina) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lan-Mir-29-P1g Lan-Mir-29-P2i Lan-Mir-29-P2j | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-29-P1 Aga-Mir-29-P1 Agr-Mir-29-P1 Asu-Mir-29-P1 Bfl-Mir-29-P1 Bla-Mir-29-P1 Cbr-Mir-29-P1 Cel-Mir-29-P1 Cin-Mir-29-o1 Csc-Mir-29-P1 Cte-Mir-29-P1 Dan-Mir-29-P1 Dgr-Mir-29-P1 Dlo-Mir-29-P1 Dma-Mir-29-P1 Dme-Mir-29-P1 Dmo-Mir-29-P1 Dpu-Mir-29-P1 Dsi-Mir-29-P1 Dya-Mir-29-P1 Eba-Mir-29-P1 Esc-Mir-29-P1 Gpa-Mir-29-P1 Gsp-Mir-29 Hme-Mir-29-P1 Hru-Mir-29-P1 Isc-Mir-29-P1 Lhy-Mir-29-P1 Llo-Mir-29-P1 Mgi-Mir-29-P1 Mom-Mir-29-P1 Npo-Mir-29-P1 Obi-Mir-29-P1 Ofu-Mir-29-P1 Ovu-Mir-29-P1 Pau-Mir-29-P1 Pcr-Mir-29-P1 Pdu-Mir-29-P1 Pfl-Mir-29-P1 Pmi-Mir-29-P1 Pve-Mir-29-P1 Rph-Mir-29-P1 Sko-Mir-29-P1 Snu-Mir-29-P1 Spu-Mir-29-P1 Tca-Mir-29-P1 Tur-Mir-29-P1 War-Mir-29-P1 Xbo-Mir-29-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. anatina | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LinAna_1.0) |
LFEI01002863: 2321-2383 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P1h) |
Mir-29-P2j
LFEI01002863: 1719-1777 [-]
Ensembl
Mir-29-P1h LFEI01002863: 2321-2383 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCUGUAGGUUGUUUUGCCCAUAUAGGAGCCUGGUCUCAAGUGGUGGGUAGAUGUCUGGCAAGGAACUGUCUAGCACCAUUUGAAAUCAGUGCCCCUGAUGGUUGCCACGACGAAAAAGGUCAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCUGUAGGUUGUUUUGC---| A A - C GG UGUCUGGC CCAU UAGG GC CUGGU UCAAGUGGUG UAGA \ GGUA GUCC CG GACUA AGUUUACCAC AUCU A ACUGGAAAAAGCAGCACCGUU^ - C U A G- GUCAAGGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Lan-Mir-29-P1h_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGGUCUCAAGUGGUGGGUAGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Lan-Mir-29-P1h_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAGCACCAUUUGAAAUCAGUGC -63
Get sequence
|
