| MirGeneDB ID | Ofu-Mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2001 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tubeworm (Owenia fusiformis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-2001 Bge-Mir-2001-P1 Bge-Mir-2001-P2 Cbr-Mir-2001 Cel-Mir-2001 Csc-Mir-2001 Cte-Mir-2001-v1 Dan-Mir-2001 Dgr-Mir-2001 Dlo-Mir-2001-v1 Dme-Mir-2001 Dmo-Mir-2001 Dsi-Mir-2001 Dya-Mir-2001 Eba-Mir-2001 Gpa-Mir-2001 Gsa-Mir-2001 Hme-Mir-2001 Hmi-Mir-2001 Hru-Mir-2001 Isc-Mir-2001 Lan-Mir-2001-P3 Lan-Mir-2001-P4 Lgi-Mir-2001 Lhy-Mir-2001 Llo-Mir-2001 Lpo-Mir-2001 Mgi-Mir-2001 Mom-Mir-2001 Npo-Mir-2001 Pau-Mir-2001 Pcr-Mir-2001 Pdu-Mir-2001 Pfl-Mir-2001 Pmi-Mir-2001 Pve-Mir-2001 Rph-Mir-2001 Sko-Mir-2001 Snu-Mir-2001 Spu-Mir-2001 Sro-Mir-2001 Tur-Mir-2001 War-Mir-2001 Xbo-Mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_903813345.2_Owenia) |
CAIIXF020000005.1: 14833615-14833672 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2001) |
Mir-252-P2
CAIIXF020000005.1: 14829054-14829108 [-]
Mir-252-P1 CAIIXF020000005.1: 14830434-14830492 [-] Mir-2001 CAIIXF020000005.1: 14833615-14833672 [-] |
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| Seed | UGUGACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUGCACUACUAAGAAUGUAUUUCAUAAGAUUGUGACCGUUAUAAUGGGCAUUCCAUGAAAAUAAAUGCUCUUCUAACAGUCAUAGUUUUAGGAAAUCACCAAUUAUCAGCACACACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAUGCACUACUAAGAAU- -| A C U U CCAUG GU AUUUC UAAGAUUGUGAC GUUA AA GGGCAUU \ CA UAAAG AUUUUGAUACUG CAAU UU CUCGUAA A UCACACACGACUAUUAAC C^ G A C - AUAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ofu-Mir-2001_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGUGACCGUUAUAAUGGGCAUU -23
Get sequence
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| Star sequence | Ofu-Mir-2001_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGCUCUUCUAACAGUCAUAGUU -58
Get sequence
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