| MirGeneDB ID | Cte-Mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2001 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-2001 Cbr-Mir-2001 Cel-Mir-2001 Csc-Mir-2001 Dan-Mir-2001 Dgr-Mir-2001 Dlo-Mir-2001-v1 Dme-Mir-2001 Dmo-Mir-2001 Dsi-Mir-2001 Dya-Mir-2001 Eba-Mir-2001 Gpa-Mir-2001 Gsa-Mir-2001 Hme-Mir-2001 Hmi-Mir-2001 Hru-Mir-2001 Isc-Mir-2001 Lgi-Mir-2001 Lhy-Mir-2001 Llo-Mir-2001 Lpo-Mir-2001 Mgi-Mir-2001 Mom-Mir-2001 Npo-Mir-2001 Ofu-Mir-2001 Pau-Mir-2001 Pcr-Mir-2001 Pdu-Mir-2001 Pfl-Mir-2001 Pmi-Mir-2001 Pve-Mir-2001 Rph-Mir-2001 Sko-Mir-2001 Snu-Mir-2001 Spu-Mir-2001 Sro-Mir-2001 Tur-Mir-2001 War-Mir-2001 Xbo-Mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_296: 188020-188081 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2001-v1) |
Mir-2001-v2
CAPTEscaffold_296: 188019-188082 [+]
Ensembl
Mir-2001-v1 CAPTEscaffold_296: 188020-188081 [+] Ensembl Mir-252-P1 CAPTEscaffold_296: 190705-190762 [+] Ensembl Mir-252-P2 CAPTEscaffold_296: 191494-191555 [+] Ensembl |
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| Variant | Cte-Mir-2001-v1 |
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| Seed | UGUGACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAGCUGCUGUGAUAUGCCCGUUCCUCACGUUGUGACCGUUAUAAUGGGCAUGAAGUCAUUCUGAGCAAUGCUCCUUAUAACGAUCUCAAGGCGAUGGGCGCGGCACUGCGACUCUUGGGCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAGCUGCUGUGAUAUGC U U - UG C--| U UGAAGUCA CCGU CC CA CGU UGA CGUUAUAA GGGCA U GGCG GG GU GCG ACU GCAAUAUU CUCGU U GCGGGUUCUCAGCGUCAC C - A GA CUA^ C AACGAGUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cte-Mir-2001-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009705 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGUGACCGUUAUAAUGGGCA -21
Get sequence
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| Star sequence | Cte-Mir-2001-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CUCCUUAUAACGAUCUCAAGG -62
Get sequence
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| Variant | Cte-Mir-2001-v2 |
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| Seed | UUGUGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGAGCUGCUGUGAUAUGCCCGUUCCUCACGUUGUGACCGUUAUAAUGGGCAUGAAGUCAUUCUGAGCAAUGCUCCUUAUAACGAUCUCAAGGCGAUGGGCGCGGCACUGCGACUCUUGGGCGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGAGCUGCUGUGAUAU- -| C ACG U C U UGAAGUCA GCC CGUUC UC UUG GA CGUUAUAA GGGCA U CGG GCGGG AG AAC CU GCAAUAUU CUCGU U GGCGGGUUCUCAGCGUCA C^ U CGG U A C AACGAGUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cte-Mir-2001-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009705 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUUGUGACCGUUAUAAUGGGCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Cte-Mir-2001-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CUCCUUAUAACGAUCUCAAGGC -64
Get sequence
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