| MirGeneDB ID | Snu-Mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2001 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Peanut worm (Sipunculus nudus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-2001 Bge-Mir-2001-P1 Bge-Mir-2001-P2 Cbr-Mir-2001 Cel-Mir-2001 Csc-Mir-2001 Cte-Mir-2001-v1 Dan-Mir-2001 Dgr-Mir-2001 Dlo-Mir-2001-v1 Dme-Mir-2001 Dmo-Mir-2001 Dsi-Mir-2001 Dya-Mir-2001 Eba-Mir-2001 Gpa-Mir-2001 Gsa-Mir-2001 Hme-Mir-2001 Hmi-Mir-2001 Hru-Mir-2001 Isc-Mir-2001 Lan-Mir-2001-P3 Lan-Mir-2001-P4 Lgi-Mir-2001 Lhy-Mir-2001 Llo-Mir-2001 Lpo-Mir-2001 Mgi-Mir-2001 Mom-Mir-2001 Npo-Mir-2001 Ofu-Mir-2001 Pau-Mir-2001 Pcr-Mir-2001 Pdu-Mir-2001 Pfl-Mir-2001 Pmi-Mir-2001 Pve-Mir-2001 Rph-Mir-2001 Sko-Mir-2001 Spu-Mir-2001 Sro-Mir-2001 Tur-Mir-2001 War-Mir-2001 Xbo-Mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_026874595.1_ASM2687459v1_Sipunculus_nudus) |
CM049306.1: 13254413-13254471 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2001) |
Mir-252-P2
CM049306.1: 13248562-13248623 [-]
Mir-252-P1 CM049306.1: 13249107-13249165 [-] Mir-2001 CM049306.1: 13254413-13254471 [-] |
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| Seed | UGUGACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCACGUCGGUAUUGAGGCCUGUAUUGUGCUUGUGACCGUUAUAAUGGGCAUGUGGCGAUAUACAAUGCUCUUUGUAACGUUCAUAAGCAUGUCGCAGCAAAUGACAUCACAUUGACCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCACGUCGGUAUUGAG---| C AU C U GUGGCG GC UGU UGUGCUUGUGA CGUUAUAA GGGCAU \ CG ACG GUACGAAUACU GCAAUGUU CUCGUA A UCCAGUUACACUACAGUAAA^ - CU U U ACAUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Snu-Mir-2001_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGUGACCGUUAUAAUGGGCAU -22
Get sequence
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| Star sequence | Snu-Mir-2001_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GCUCUUUGUAACGUUCAUAAGC -59
Get sequence
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