| MirGeneDB ID | Dlo-Mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2001 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Braconid wasp (Diachasmimorpha longicaudata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-2001 Cbr-Mir-2001 Cel-Mir-2001 Csc-Mir-2001 Cte-Mir-2001-v1 Dan-Mir-2001 Dgr-Mir-2001 Dme-Mir-2001 Dmo-Mir-2001 Dsi-Mir-2001 Dya-Mir-2001 Eba-Mir-2001 Gpa-Mir-2001 Gsa-Mir-2001 Hme-Mir-2001 Hmi-Mir-2001 Hru-Mir-2001 Isc-Mir-2001 Lgi-Mir-2001 Lhy-Mir-2001 Llo-Mir-2001 Lpo-Mir-2001 Mgi-Mir-2001 Mom-Mir-2001 Npo-Mir-2001 Ofu-Mir-2001 Pau-Mir-2001 Pcr-Mir-2001 Pdu-Mir-2001 Pfl-Mir-2001 Pmi-Mir-2001 Pve-Mir-2001 Rph-Mir-2001 Sko-Mir-2001 Snu-Mir-2001 Spu-Mir-2001 Sro-Mir-2001 Tur-Mir-2001 War-Mir-2001 Xbo-Mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_034640455.1_iyDiaLong2_genomic) |
NC_087225.1: 53364-53421 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2001-v1) |
Mir-2001-v1
NC_087225.1: 53364-53421 [+]
Ensembl
Mir-2001-v2 NC_087225.1: 53365-53420 [+] Ensembl Mir-252-P1 NC_087225.1: 53625-53686 [+] Ensembl Mir-252-P2 NC_087225.1: 57855-57929 [+] Ensembl |
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| Variant | Dlo-Mir-2001-v1 |
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| Seed | UUGUGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUGAGUCAGGAAUUUUGGAGCUGUUUCGAUUUGUGACCGCAAUAAUGGGCGAUGAUUUAGAAGCGCUCGUUGAUGUGUUCACAAGUUGAACCUGCGGUUUUCCAACGUUUCUAUCGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAUGAGUCAGGAAUUUUGG ---| C A AUGAU AGCUGU UUCGAUUUGUGA CGCA UAAUGGGCG U UUGGCG AAGUUGAACACU GUGU GUUGCUCGC U AGCUAUCUUUGCAACCUU- UCC^ U A GAAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dlo-Mir-2001-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGUGACCGCAAUAAUGGGCG -22
Get sequence
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| Star sequence | Dlo-Mir-2001-v1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUCGUUGAUGUGUUCACAAGUU -58
Get sequence
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| Variant | Dlo-Mir-2001-v2 |
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| Seed | UGUGACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGAGUCAGGAAUUUUGGAGCUGUUUCGAUUUGUGACCGCAAUAAUGGGCGAUGAUUUAGAAGCGCUCGUUGAUGUGUUCACAAGUUGAACCUGCGGUUUUCCAACGUUUCUAUCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUGAGUCAGGAAUUUUGGA ---| C A AUGAU GCUGU UUCGAUUUGUGA CGCA UAAUGGGCG U UGGCG AAGUUGAACACU GUGU GUUGCUCGC U GCUAUCUUUGCAACCUUU- UCC^ U A GAAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dlo-Mir-2001-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGUGACCGCAAUAAUGGGCG -21
Get sequence
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| Star sequence | Dlo-Mir-2001-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CUCGUUGAUGUGUUCACAAGU -56
Get sequence
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