| MirGeneDB ID | Sko-Mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2001 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sko-mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-2001 Bge-Mir-2001-P1 Bge-Mir-2001-P2 Cbr-Mir-2001 Cel-Mir-2001 Csc-Mir-2001 Cte-Mir-2001-v1 Dan-Mir-2001 Dgr-Mir-2001 Dlo-Mir-2001-v1 Dme-Mir-2001 Dmo-Mir-2001 Dsi-Mir-2001 Dya-Mir-2001 Eba-Mir-2001 Gpa-Mir-2001 Gsa-Mir-2001 Hme-Mir-2001 Hmi-Mir-2001 Hru-Mir-2001 Isc-Mir-2001 Lan-Mir-2001-P3 Lan-Mir-2001-P4 Lgi-Mir-2001 Lhy-Mir-2001 Llo-Mir-2001 Lpo-Mir-2001 Mgi-Mir-2001 Mom-Mir-2001 Npo-Mir-2001 Ofu-Mir-2001 Pau-Mir-2001 Pcr-Mir-2001 Pdu-Mir-2001 Pfl-Mir-2001 Pmi-Mir-2001 Pve-Mir-2001 Rph-Mir-2001 Snu-Mir-2001 Spu-Mir-2001 Sro-Mir-2001 Tur-Mir-2001 War-Mir-2001 Xbo-Mir-2001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003126934.1: 20664-20731 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2001) |
Mir-252-P2
NW_003126934.1: 13977-14037 [-]
Mir-252-P1 NW_003126934.1: 19612-19671 [-] Mir-2001 NW_003126934.1: 20664-20731 [-] |
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| Seed | UGUGACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAAACGUUUUUAAUAUAUGUUUCACGUUGUUGUGACCGUUAUAAUGGGCAUAUCAAGCACCAAUGCAAUCAUAAUGCCUACUGUAGCGUUUACAACAAUGGGGGACAUUCUAUCGACUUCCGAAGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAAACGUUUUUAAUAU--| UU A C A AUCAAGCACC AUGU C CGUUGUUGUGA CGUUAUA UGGGCAU A UACA G GUAACAACAUU GCGAUGU AUCCGUA A CAGAAGCCUUCAGCUAUCU^ GG G U C AUACUAACGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sko-Mir-2001_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009735 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGUGACCGUUAUAAUGGGCAU -22
Get sequence
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| Star sequence | Sko-Mir-2001_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- GCCUACUGUAGCGUUUACAACA -68
Get sequence
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