| MirGeneDB ID | Pab-Mir-338-P2-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-338 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-338-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-338-P2 Ami-Mir-338-P2 Bta-Mir-338-P2 Bta-Mir-338-P2-as Cfa-Mir-338-P2 Cfa-Mir-338-P2-as Cja-Mir-338-P2 Cli-Mir-338-P2 Cmi-Mir-338-P2 Cpi-Mir-338-P2 Cpi-Mir-338-P2-as Cpo-Mir-338-P2 Dno-Mir-338-P2 Dre-Mir-338-P2a Dre-Mir-338-P2b Ebu-Mir-338-o2 Eca-Mir-338-P2 Eca-Mir-338-P2-as Ete-Mir-338-P2 Ete-Mir-338-P2-as Gga-Mir-338-P2 Gja-Mir-338-P2 Gmo-Mir-338-P2a Gmo-Mir-338-P2b Hsa-Mir-338-P2 Hsa-Mir-338-P2-as Laf-Mir-338-P2 Lch-Mir-338-P2 Loc-Mir-338-P2 Mal-Mir-338-P2a Mal-Mir-338-P2b Mdo-Mir-338-P2 Mml-Mir-338-P2 Mml-Mir-338-P2-as Mmr-Mir-338-P2 Mmu-Mir-338-P2 Mmu-Mir-338-P2-as Mun-Mir-338-P2e Mun-Mir-338-P2f Neu-Mir-338-P2 Oan-Mir-338-P2 Ocu-Mir-338-P2 Pbv-Mir-338-P2 Rno-Mir-338-P2 Rno-Mir-338-P2-as Sha-Mir-338-P2 Spt-Mir-338-P2 Sto-Mir-338-P2 Tgu-Mir-338-P2 Tgu-Mir-338-P2-as Tni-Mir-338-P2a Tni-Mir-338-P2b Xla-Mir-338-P2c Xla-Mir-338-P2d Xtr-Mir-338-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054698.2: 96593343-96593405 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-338-P2-as) |
Mir-338-P2
CM054698.2: 96593343-96593401 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-338-P2-as CM054698.2: 96593343-96593405 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | CAACAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCAGGUCGGGAGGCUGGCAGCUGCCCUCUUCAACAAAAUCACUGAUGCUGGAGUUGCCUGAGUCAUCACUCAGCACCAGGAUAUUGUUGGAGAGGACGGCCGUGCGGCGUCUGGGGCUGACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGCAGGUCGGGAGGCUG--| A C A A A AGUUGCCU GC GCUG CCUCUUCAACAA AUC CUG UGCUGG G UG CGGC GGAGAGGUUGUU UAG GAC ACGACU A ACAGUCGGGGUCUGCGGCG^ C A A - C CACUACUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-338-P2-as_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAACAAAAUCACUGAUGCUGGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-338-P2-as_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CAGCACCAGGAUAUUGUUGGAG -63
Get sequence
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