| MirGeneDB ID | Ete-Mir-338-P2-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-338 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ete-Mir-338-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-338-P2 Ami-Mir-338-P2 Bta-Mir-338-P2 Bta-Mir-338-P2-as Cfa-Mir-338-P2 Cfa-Mir-338-P2-as Cja-Mir-338-P2 Cli-Mir-338-P2 Cmi-Mir-338-P2 Cpi-Mir-338-P2 Cpi-Mir-338-P2-as Cpo-Mir-338-P2 Dno-Mir-338-P2 Dre-Mir-338-P2a Dre-Mir-338-P2b Ebu-Mir-338-o2 Eca-Mir-338-P2 Eca-Mir-338-P2-as Gga-Mir-338-P2 Gja-Mir-338-P2 Gmo-Mir-338-P2a Gmo-Mir-338-P2b Hsa-Mir-338-P2 Hsa-Mir-338-P2-as Laf-Mir-338-P2 Lch-Mir-338-P2 Loc-Mir-338-P2 Mal-Mir-338-P2a Mal-Mir-338-P2b Mdo-Mir-338-P2 Mml-Mir-338-P2 Mml-Mir-338-P2-as Mmr-Mir-338-P2 Mmu-Mir-338-P2 Mmu-Mir-338-P2-as Mun-Mir-338-P2e Mun-Mir-338-P2f Neu-Mir-338-P2 Oan-Mir-338-P2 Ocu-Mir-338-P2 Pab-Mir-338-P2 Pab-Mir-338-P2-as Pbv-Mir-338-P2 Rno-Mir-338-P2 Rno-Mir-338-P2-as Sha-Mir-338-P2 Spt-Mir-338-P2 Sto-Mir-338-P2 Tgu-Mir-338-P2 Tgu-Mir-338-P2-as Tni-Mir-338-P2a Tni-Mir-338-P2b Xla-Mir-338-P2c Xla-Mir-338-P2d Xtr-Mir-338-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
manual_Ete-Mir-338-P1: 31-91 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-338-P2-as) |
Mir-338-P2-as
manual_Ete-Mir-338-P1: 31-91 [-]
UCSC
Mir-338-P2 manual_Ete-Mir-338-P1: 34-91 [+] UCSC |
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| Seed | CAACAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCGGCGGCGGAGGCUGGCAGCUGCCCUCUUCAACAAAAUCACUGAUGCUGGAGUCGCCUUGUCACCACUCAGCACCAGGAUAUUGUUGGGGAGGACGGCCCGUGCGGCGUCCGGGCUGGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGCGGCGGCGGAGGCUGGCA-| C A A A G UCGCCU GCUG CCUCUUCAACAA AUC CUG UGCUG AG U CGGC GGAGGGGUUGUU UAG GAC ACGAC UC G GGGUCGGGCCUGCGGCGUGCC^ A A - C - ACCACU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Not in assembly but in trace archive. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ete-Mir-338-P2-as_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAACAAAAUCACUGAUGCUGGAG -24
Get sequence
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| Star sequence | Ete-Mir-338-P2-as_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCAGCACCAGGAUAUUGUUGGG -61
Get sequence
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