| MirGeneDB ID | Mal-Mir-338-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-338 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-338-P1 Mal-Mir-338-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-338-P2 Ami-Mir-338-P2 Bta-Mir-338-P2 Bta-Mir-338-P2-as Cfa-Mir-338-P2 Cfa-Mir-338-P2-as Cja-Mir-338-P2 Cli-Mir-338-P2 Cmi-Mir-338-P2 Cpi-Mir-338-P2 Cpi-Mir-338-P2-as Cpo-Mir-338-P2 Dno-Mir-338-P2 Dre-Mir-338-P2b Ebu-Mir-338-o2 Eca-Mir-338-P2 Eca-Mir-338-P2-as Ete-Mir-338-P2 Ete-Mir-338-P2-as Gga-Mir-338-P2 Gja-Mir-338-P2 Gmo-Mir-338-P2b Hsa-Mir-338-P2 Hsa-Mir-338-P2-as Laf-Mir-338-P2 Lch-Mir-338-P2 Loc-Mir-338-P2 Mdo-Mir-338-P2 Mml-Mir-338-P2 Mml-Mir-338-P2-as Mmr-Mir-338-P2 Mmu-Mir-338-P2 Mmu-Mir-338-P2-as Neu-Mir-338-P2 Oan-Mir-338-P2 Ocu-Mir-338-P2 Pab-Mir-338-P2 Pab-Mir-338-P2-as Pbv-Mir-338-P2 Rno-Mir-338-P2 Rno-Mir-338-P2-as Sha-Mir-338-P2 Spt-Mir-338-P2 Sto-Mir-338-P2 Tgu-Mir-338-P2 Tgu-Mir-338-P2-as Tni-Mir-338-P2b Xtr-Mir-338-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884755.1: 1797539-1797599 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCUCCUCUGGCUUCUUCGUUGCUUCCUGGAACAAUAUCCUGGUGCUGCUCGAGUGCUCCAUACAGACUCCAGCAUCAGUGAUUUUGUUGCAGGCGGCCACUCCUCAUCUCCAGAAAUAUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCUCCUCUGGCUUCUUC-- U U G U -| CUC GCUCC GU GCU CCUG AACAA AUC CUGGUGCUG GAGU \ CA CGG GGAC UUGUU UAG GACUACGAC CUCA A GUAUAAAGACCUCUACUCCU C C G U U^ --- GACAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-338-P2b_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAAUAUCCUGGUGCUGCUCGAGU -25
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-338-P2b_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCCAGCAUCAGUGAUUUUGUUGC -61
Get sequence
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