| MirGeneDB ID | Xla-Mir-338-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-338 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-338-P1a Xla-Mir-338-P1b Xla-Mir-338-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-338-P2 Ami-Mir-338-P2 Bta-Mir-338-P2 Bta-Mir-338-P2-as Cfa-Mir-338-P2 Cfa-Mir-338-P2-as Cja-Mir-338-P2 Cli-Mir-338-P2 Cmi-Mir-338-P2 Cpi-Mir-338-P2 Cpi-Mir-338-P2-as Cpo-Mir-338-P2 Dno-Mir-338-P2 Ebu-Mir-338-o2 Eca-Mir-338-P2 Eca-Mir-338-P2-as Ete-Mir-338-P2 Ete-Mir-338-P2-as Gga-Mir-338-P2 Gja-Mir-338-P2 Hsa-Mir-338-P2 Hsa-Mir-338-P2-as Laf-Mir-338-P2 Lch-Mir-338-P2 Loc-Mir-338-P2 Mdo-Mir-338-P2 Mml-Mir-338-P2 Mml-Mir-338-P2-as Mmr-Mir-338-P2 Mmu-Mir-338-P2 Mmu-Mir-338-P2-as Neu-Mir-338-P2 Oan-Mir-338-P2 Ocu-Mir-338-P2 Pab-Mir-338-P2 Pab-Mir-338-P2-as Pbv-Mir-338-P2 Rno-Mir-338-P2 Rno-Mir-338-P2-as Sha-Mir-338-P2 Spt-Mir-338-P2 Sto-Mir-338-P2 Tgu-Mir-338-P2 Tgu-Mir-338-P2-as Xtr-Mir-338-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030741.1: 22008109-22008169 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAAUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUGGAGGCCUCUUAUGGUUUGUUCCCUGGAACAAUAUCCUGAUGCUGAAUGAGUGGGACAUACAGGCUCCAGCAUCAGUGAUUUUGUUGCAGGCGGCACACAUUGCUCCUGGAAGGCUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCUGGAGGCCUCUUAUG-- U UC G U -| AAUGAGUGGG GU UGU CCUG AACAA AUC CUGAUGCUG A CA ACG GGAC UUGUU UAG GACUACGAC C CGUCGGAAGGUCCUCGUUA C GC G U U^ CUCGGACAUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-338-P2d_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAAUAUCCUGAUGCUGAAUG -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Xla-Mir-338-P2d_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCCAGCAUCAGUGAUUUUGUUGC -61
Get sequence
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