MirGeneDB ID | Pdu-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-277 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dumerils clam worm (Platynereis dumerilii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-277 Aga-Mir-277 Agr-Mir-277 Ava-Mir-277-P10 Ava-Mir-277-P11 Bge-Mir-277 Bko-Mir-277 Bpl-Mir-277 Cbr-Mir-277-P6a Cbr-Mir-277-P6b Cel-Mir-277 Csc-Mir-277-P18a Csc-Mir-277-P18b Cte-Mir-277-P1 Cte-Mir-277-P2 Dan-Mir-277 Dgr-Mir-277-P19 Dgr-Mir-277-P20 Dgr-Mir-277-P21 Dlo-Mir-277 Dma-Mir-277 Dme-Mir-277 Dmo-Mir-277 Dpu-Mir-277 Dsi-Mir-277 Dya-Mir-277 Eba-Mir-277 Efe-Mir-277 Egr-Mir-277-P7 Egr-Mir-277-P8 Egr-Mir-277-P9 Esc-Mir-277 Gpa-Mir-277 Gsa-Mir-277-P8 Gsa-Mir-277-P9 Gsp-Mir-277 Hme-Mir-277 Hru-Mir-277 Isc-Mir-277 Lan-Mir-277-P3 Lan-Mir-277-P4 Lan-Mir-277-P5 Lgi-Mir-277 Llo-Mir-277 Lpo-Mir-277-P12 Lpo-Mir-277-P13 Lpo-Mir-277-P14 Lpo-Mir-277-P15 Lpo-Mir-277-P16 Lpo-Mir-277-P17 Mgi-Mir-277 Mom-Mir-277 Npo-Mir-277 Obi-Mir-277 Ofu-Mir-277-P22 Ofu-Mir-277-P23 Ovu-Mir-277 Pau-Mir-277 Pca-Mir-277 Pcr-Mir-277 Pve-Mir-277 Rph-Mir-277 Sma-Mir-277-P7 Sma-Mir-277-P8 Sme-Mir-277-P7a Sme-Mir-277-P7b Sme-Mir-277-P8a Sme-Mir-277-P8b Sne-Mir-277 Snu-Mir-277 Tca-Mir-277 Tur-Mir-277 War-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_026936325.1_EMBL_pdum_1.0) |
JAPTHN010000004.1: 52020821-52020880 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-277) |
Mir-317
JAPTHN010000004.1: 52017423-52017482 [+]
Ensembl
Mir-277 JAPTHN010000004.1: 52020821-52020880 [+] Ensembl Mir-34 JAPTHN010000004.1: 52046696-52046759 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUAAAACACUGUAAACUGACUUUGGGGUUACAUAUCAGAAAUGCACUUUGCAUGUUACUAUAAAAGUGUAAAUGCAUUAUCUGGUAUGUAGGUCCUAGGUUCAAAACGUCGAGCUGCAGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUAAAACACUGUAAACU-- U G -| C UGUUAC GACUU GGG UUACAUAUCAGA AAUGCA UUUGCA U UUGGA CCU GAUGUAUGGUCU UUACGU AAAUGU A CGACGUCGAGCUGCAAAAC U G A^ - GAAAAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pdu-Mir-277_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUAUCAGAAAUGCACUUUGCA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pdu-Mir-277_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAAAUGCAUUAUCUGGUAUGUA -60
Get sequence
|