| MirGeneDB ID | Lpo-Mir-277-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-277 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lpo-Mir-277-P13 Lpo-Mir-277-P14 Lpo-Mir-277-P15 Lpo-Mir-277-P16 Lpo-Mir-277-P17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-277 Aga-Mir-277 Agr-Mir-277 Bge-Mir-277 Bko-Mir-277 Bpl-Mir-277 Cel-Mir-277 Dan-Mir-277 Dlo-Mir-277 Dma-Mir-277 Dme-Mir-277 Dmo-Mir-277 Dpu-Mir-277 Dsi-Mir-277 Dya-Mir-277 Eba-Mir-277 Efe-Mir-277 Esc-Mir-277 Gpa-Mir-277 Gsp-Mir-277 Hme-Mir-277 Hru-Mir-277 Isc-Mir-277 Lgi-Mir-277 Llo-Mir-277 Mgi-Mir-277 Mom-Mir-277 Npo-Mir-277 Obi-Mir-277 Ovu-Mir-277 Pau-Mir-277 Pca-Mir-277 Pcr-Mir-277 Pdu-Mir-277 Pve-Mir-277 Rph-Mir-277 Sne-Mir-277 Snu-Mir-277 Tca-Mir-277 Tur-Mir-277 War-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013666266.1: 398631-398690 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-277-P12) |
Mir-317-P12
NW_013666266.1: 394642-394701 [+]
Ensembl
Mir-277-P12 NW_013666266.1: 398631-398690 [+] Ensembl Mir-34-P16 NW_013666266.1: 407611-407666 [+] Ensembl |
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| Seed | AAAUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUUGCAUGCGAUCUUGACUUCUUUAUCUACGUUCCAGUAAUGCAUUUGCACGUUUACUCUCCAACUGUAAAUGCAUUCUCUGGGAUGCUAGAUAUAGUUGUAUUUCCUCAACUUCUAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUUGCAUGCGAUCUUG- UU U - U-| CGUUUAC AC CU UAUCUA CGUUCCAG AAUGCAUUUGCA \ UG GA AUAGAU GUAGGGUC UUACGUAAAUGU U CUAUCUUCAACUCCUUUA UU U C UC^ CAACCUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Lpo-Mir-277-P12_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUUCCAGUAAUGCAUUUGCA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Lpo-Mir-277-P12_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAAAUGCAUUCUCUGGGAUGCU -60
Get sequence
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