| MirGeneDB ID | Dpu-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-277 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-277 Aga-Mir-277 Agr-Mir-277 Ava-Mir-277-P10 Ava-Mir-277-P11 Bge-Mir-277 Bko-Mir-277 Bpl-Mir-277 Cbr-Mir-277-P6a Cbr-Mir-277-P6b Cel-Mir-277 Csc-Mir-277-P18a Csc-Mir-277-P18b Cte-Mir-277-P1 Cte-Mir-277-P2 Dan-Mir-277 Dgr-Mir-277-P19 Dgr-Mir-277-P20 Dgr-Mir-277-P21 Dlo-Mir-277 Dma-Mir-277 Dme-Mir-277 Dmo-Mir-277 Dsi-Mir-277 Dya-Mir-277 Eba-Mir-277 Efe-Mir-277 Egr-Mir-277-P7 Egr-Mir-277-P8 Egr-Mir-277-P9 Esc-Mir-277 Gpa-Mir-277 Gsa-Mir-277-P8 Gsa-Mir-277-P9 Gsp-Mir-277 Hme-Mir-277 Hru-Mir-277 Isc-Mir-277 Lan-Mir-277-P3 Lan-Mir-277-P4 Lan-Mir-277-P5 Lgi-Mir-277 Llo-Mir-277 Lpo-Mir-277-P12 Lpo-Mir-277-P13 Lpo-Mir-277-P14 Lpo-Mir-277-P15 Lpo-Mir-277-P16 Lpo-Mir-277-P17 Mgi-Mir-277 Mom-Mir-277 Npo-Mir-277 Obi-Mir-277 Ofu-Mir-277-P22 Ofu-Mir-277-P23 Ovu-Mir-277 Pau-Mir-277 Pca-Mir-277 Pcr-Mir-277 Pdu-Mir-277 Pve-Mir-277 Rph-Mir-277 Sma-Mir-277-P7 Sma-Mir-277-P8 Sme-Mir-277-P7a Sme-Mir-277-P7b Sme-Mir-277-P8a Sme-Mir-277-P8b Sne-Mir-277 Snu-Mir-277 Tca-Mir-277 Tur-Mir-277 War-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_4: 1242975-1243041 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-277) |
Mir-34
DAPPUscaffold_4: 1242049-1242114 [-]
Ensembl
Mir-277 DAPPUscaffold_4: 1242975-1243041 [-] Ensembl Mir-317 DAPPUscaffold_4: 1243961-1244027 [-] Ensembl |
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| Seed | AAAUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAGACCCAGUCCAUUUUCUGUCUGGAGUCCGUACCACAAGUGCGUUUGCCUUUAAUUAUUUCGUAAACGAGGUAAAUGCAUUCUUCUGGUAUCGUCACUCUUUUCAGCCAUCACCAUAUUUCUCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAGACCCAGUCCAUUUU- UCU C- - C --| UUUAAUUAU CUG GGAGU CG UACCA AAG UGCGUUUGCC U GAC UCUCA GC AUGGU UUC ACGUAAAUGG U GUCUCUUUAUACCACUACC UUU CU U C UU^ AGCAAAUGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut -2 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dpu-Mir-277_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUACCACAAGUGCGUUUGCC -21
Get sequence
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| Mature sequence | Dpu-Mir-277_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UAAAUGCAUUCUUCUGGUAUCGUC -67
Get sequence
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