MirGeneDB ID | Cte-Mir-277-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-277 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-277b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cte-Mir-277-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-277 Bge-Mir-277 Bpl-Mir-277 Cel-Mir-277 Cgi-Mir-277 Dan-Mir-277 Dma-Mir-277 Dme-Mir-277 Dmo-Mir-277 Dpu-Mir-277 Dsi-Mir-277 Dya-Mir-277 Efe-Mir-277 Esc-Mir-277 Hme-Mir-277 Isc-Mir-277 Lgi-Mir-277 Npo-Mir-277 Obi-Mir-277 Ovu-Mir-277 Tca-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. teleta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_114: 443745-443810 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-277-P2) |
Mir-34
CAPTEscaffold_114: 443343-443404 [-]
Ensembl
Mir-277-P2 CAPTEscaffold_114: 443745-443810 [-] Ensembl Mir-277-P1 CAPTEscaffold_114: 443887-443966 [-] Ensembl Mir-317 CAPTEscaffold_114: 444019-444076 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGCGUUAUGAUUCCGCUGAUCACUGGGUCAGUGGCAGGGUGUGACAUUUGCAAUGCGUUAUGAUUAUCAUCUGUAAAUGCAUAUUCUGGCACUAAUCUGGUCGACCUCUCACUACCUCUGCUUCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGCGUUAUGAUUCCGCUGA- -| UG C G A AUGCGUUAU UC AC GGU AGUG CAGGGUGUG CAUUUGCA \ AG UG CUA UCAC GUCUUAUAC GUAAAUGU G GCUUCGUCUCCAUCACUCUCC C^ GU A G - CUACUAUUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cte-Mir-277-P2_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGGCAGGGUGUGACAUUUGCA -23
Get sequence
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Mature sequence | Cte-Mir-277-P2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0013575 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- UAAAUGCAUAUUCUGGCACUAA -66
Get sequence
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