| MirGeneDB ID | Cte-Mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-317 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-317-P8 Aae-Mir-317-P9 Aga-Mir-317 Agr-Mir-317 Bge-Mir-317 Csc-Mir-317-P17 Csc-Mir-317-P18 Dan-Mir-317 Dgr-Mir-317-P3 Dgr-Mir-317-P4 Dlo-Mir-317 Dma-Mir-317 Dme-Mir-317 Dmo-Mir-317 Dpu-Mir-317 Dsi-Mir-317 Dya-Mir-317 Eba-Mir-317 Efe-Mir-317-P5 Efe-Mir-317-P6 Efe-Mir-317-P7 Esc-Mir-317 Gpa-Mir-317 Hme-Mir-317 Hru-Mir-317 Isc-Mir-317 Lan-Mir-317-P10 Lan-Mir-317-P11 Lgi-Mir-317 Lhy-Mir-317 Llo-Mir-317 Lpo-Mir-317-P12 Lpo-Mir-317-P13 Mgi-Mir-317-P1 Mgi-Mir-317-P2 Mom-Mir-317 Npo-Mir-317 Obi-Mir-317 Ofu-Mir-317 Ovu-Mir-317 Pau-Mir-317 Pca-Mir-317 Pdu-Mir-317 Pve-Mir-317 Rph-Mir-317 Snu-Mir-317 Tca-Mir-317 Tur-Mir-317 War-Mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_114: 444019-444076 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-317) |
Mir-34
CAPTEscaffold_114: 443343-443404 [-]
Ensembl
Mir-277-P2 CAPTEscaffold_114: 443745-443810 [-] Ensembl Mir-277-P1 CAPTEscaffold_114: 443887-443966 [-] Ensembl Mir-317 CAPTEscaffold_114: 444019-444076 [-] Ensembl |
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| Seed | GAACACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUCGGAAGGAGAAGCGUCGAGCGCAGGCAAGAGAUCACUGCGGUGCUCACAUGUAGCCACUGUGAACACAGCUGGUGGUAUCUCUUUUCUUCGCUCUGACCUGCAACAUGUUCCGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACUCGGAAGGAGAAGCGUC-- C C -- -| G C UGUA GAGCG AGG AAGAGAU CACU GC GUG UCACA \ CUCGC UCU UUCUCUA GUGG CG CAC AGUGU G UAGCCUUGUACAACGUCCAGU U U UG U^ A A CACC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-317_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAGAUCACUGCGGUGCUCACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-317_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
33- UGAACACAGCUGGUGGUAUCUCUUU -58
Get sequence
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