| MirGeneDB ID | Isc-Mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-317 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Deer tick (Ixodes scapularis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | isc-mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-317-P8 Aae-Mir-317-P9 Aga-Mir-317 Agr-Mir-317 Bge-Mir-317 Csc-Mir-317-P17 Csc-Mir-317-P18 Cte-Mir-317 Dan-Mir-317 Dgr-Mir-317-P3 Dgr-Mir-317-P4 Dlo-Mir-317 Dma-Mir-317 Dme-Mir-317 Dmo-Mir-317 Dpu-Mir-317 Dsi-Mir-317 Dya-Mir-317 Eba-Mir-317 Efe-Mir-317-P5 Efe-Mir-317-P6 Efe-Mir-317-P7 Esc-Mir-317 Gpa-Mir-317 Hme-Mir-317 Hru-Mir-317 Lan-Mir-317-P10 Lan-Mir-317-P11 Lgi-Mir-317 Lhy-Mir-317 Llo-Mir-317 Lpo-Mir-317-P12 Lpo-Mir-317-P13 Mgi-Mir-317-P1 Mgi-Mir-317-P2 Mom-Mir-317 Npo-Mir-317 Obi-Mir-317 Ofu-Mir-317 Ovu-Mir-317 Pau-Mir-317 Pca-Mir-317 Pdu-Mir-317 Pve-Mir-317 Rph-Mir-317 Snu-Mir-317 Tca-Mir-317 Tur-Mir-317 War-Mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_016920785.2_ASM1692078v2_ISC) |
NW_024609835.1: 44980128-44980191 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-317) |
Mir-34
NW_024609835.1: 44952210-44952269 [-]
Ensembl
Mir-277 NW_024609835.1: 44973543-44973605 [-] Ensembl Mir-317 NW_024609835.1: 44980128-44980191 [-] Ensembl |
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| Seed | GAACACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGUGUGACUUCGACAUGGCCUCGCCUGACAGUGUACCACCCUGAGUUCCCACGUGCGUUUGCCCAGUGUGAACACAGCUGGUGGUAUAUCAGUCAGUCGCGGCAUCUACGCUUCCCUGCGCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGUGUGACUUCGACAUG-- U C A- --| A C CGUGCGU GCC CG CUGAC GUGUACCACC CUG GUUC CA \ CGG GC GACUG UAUAUGGUGG GAC CAAG GU U GUCGCGUCCCUUCGCAUCUA C U AC UC^ A U GACCCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Isc-Mir-317_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGUACCACCCUGAGUUCCCA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Isc-Mir-317_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0012699 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAACACAGCUGGUGGUAUAUCAGU -64
Get sequence
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