| MirGeneDB ID | Csc-Mir-317-P18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-317 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Arizona bark scorpion (Centruroides sculpturatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Csc-Mir-317-P17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aga-Mir-317 Agr-Mir-317 Bge-Mir-317 Cte-Mir-317 Dan-Mir-317 Dlo-Mir-317 Dma-Mir-317 Dme-Mir-317 Dmo-Mir-317 Dpu-Mir-317 Dsi-Mir-317 Dya-Mir-317 Eba-Mir-317 Esc-Mir-317 Gpa-Mir-317 Hme-Mir-317 Hru-Mir-317 Isc-Mir-317 Lgi-Mir-317 Lhy-Mir-317 Llo-Mir-317 Mom-Mir-317 Npo-Mir-317 Obi-Mir-317 Ofu-Mir-317 Ovu-Mir-317 Pau-Mir-317 Pca-Mir-317 Pdu-Mir-317 Pve-Mir-317 Rph-Mir-317 Snu-Mir-317 Tca-Mir-317 Tur-Mir-317 War-Mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. sculpturatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000671375.1_CSC) |
NW_019384483.1: 602611-602681 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-317-P18) |
Mir-34-P19c
NW_019384483.1: 589710-589767 [-]
Ensembl
Mir-277-P18b NW_019384483.1: 591286-591347 [-] Ensembl Mir-34-P19b NW_019384483.1: 599502-599559 [-] Ensembl Mir-277-P18a NW_019384483.1: 601078-601139 [-] Ensembl Mir-317-P18 NW_019384483.1: 602611-602681 [-] Ensembl Mir-34-P19a NW_019384483.1: 607027-607084 [-] Ensembl |
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| Seed | GAGUACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGAGAGAUGCGACUGUGCCUGGGUUUAACUGAGUACCACUCUGAGUUCACAUCGGUAGUGUUAAAGAAACGAGUGUGAACACAGCUGGUGGUAUCUCAGUUGGAUCGCGGGUGAAAUCGGCAACUCGUCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCGAGAGAUGCGACUGU- - - --| A UCGGUAGUGU GCCUG GGUUUAACUGAG UACCACU CUG GUUCACA U UGGGC CUAGGUUGACUC AUGGUGG GAC CAAGUGU A CCUGCUCAACGGCUAAAG G U UC^ A GAGCAAAGAA . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Csc-Mir-317-P18_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGUACCACUCUGAGUUCACA -22
Get sequence
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| Star sequence | Csc-Mir-317-P18_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- UGAACACAGCUGGUGGUAUCUCAGU -71
Get sequence
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