| MirGeneDB ID | Esc-Mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-317 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAACACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-317-P8 Aae-Mir-317-P9 Bge-Mir-317 Cgi-Mir-317-P1 Cgi-Mir-317-P2 Csc-Mir-317-P17 Csc-Mir-317-P18 Cte-Mir-317 Dan-Mir-317 Dma-Mir-317 Dme-Mir-317 Dmo-Mir-317 Dpu-Mir-317 Dsi-Mir-317 Dya-Mir-317 Efe-Mir-317-P5 Efe-Mir-317-P6 Efe-Mir-317-P7 Hme-Mir-317 Isc-Mir-317 Lan-Mir-317-P10 Lan-Mir-317-P11 Lgi-Mir-317 Lpo-Mir-317-P12 Lpo-Mir-317-P13 Npo-Mir-317 Obi-Mir-317 Ovu-Mir-317 Tca-Mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_004765925.1_miRNA_LOCI) |
Esc-Mir-317_pre_SRIE01001895.1:8487804-8487945: 42-101 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAAUUUUAAUGAACAUAUCUCUGGCUGAUGCGGGUACCAUGUUGUGUUUGCAGUCUUUAUUCUUUGUGAACACAGCUGGUGGUAUCUGGUUUUGUCAGAGAAAUUUCCACAAGACUUUCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAAUUUUAAUGAACAUA-- U UG --| UG GUCUU UCUCUGGC GA CGGGUACCAU GUUGUGUU CA U AGAGACUG UU GUCUAUGGUG CGACACAA GU A ACUUUCAGAACACCUUUAA U UG GU^ GU UUCUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Esc-Mir-317_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGUACCAUGUUGUGUUUGCA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Esc-Mir-317_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGAACACAGCUGGUGGUAUCUGGU -60
Get sequence
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