| MirGeneDB ID | Snu-Mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-317 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Peanut worm (Sipunculus nudus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-317-P8 Aae-Mir-317-P9 Aga-Mir-317 Agr-Mir-317 Bge-Mir-317 Csc-Mir-317-P17 Csc-Mir-317-P18 Cte-Mir-317 Dan-Mir-317 Dgr-Mir-317-P3 Dgr-Mir-317-P4 Dlo-Mir-317 Dma-Mir-317 Dme-Mir-317 Dmo-Mir-317 Dpu-Mir-317 Dsi-Mir-317 Dya-Mir-317 Eba-Mir-317 Efe-Mir-317-P5 Efe-Mir-317-P6 Efe-Mir-317-P7 Esc-Mir-317 Gpa-Mir-317 Hme-Mir-317 Hru-Mir-317 Isc-Mir-317 Lan-Mir-317-P10 Lan-Mir-317-P11 Lgi-Mir-317 Lhy-Mir-317 Llo-Mir-317 Lpo-Mir-317-P12 Lpo-Mir-317-P13 Mgi-Mir-317-P1 Mgi-Mir-317-P2 Mom-Mir-317 Npo-Mir-317 Obi-Mir-317 Ofu-Mir-317 Ovu-Mir-317 Pau-Mir-317 Pca-Mir-317 Pdu-Mir-317 Pve-Mir-317 Rph-Mir-317 Tca-Mir-317 Tur-Mir-317 War-Mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_026874595.1_ASM2687459v1_Sipunculus_nudus) |
CM049322.1: 46119322-46119382 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-317) |
Mir-34
CM049322.1: 46114576-46114634 [-]
Mir-277 CM049322.1: 46119125-46119181 [-] Mir-317 CM049322.1: 46119322-46119382 [-] |
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| Seed | GAACACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUGGAGUGAAAGGCAUACCUGCUCGGCAAAGAGUACCAAGUUGUGUUAACAUAACCUUGACCUUGUGAACACAGCUGGUGGUAUCUCUUUCUCUGGCAGAAUUACUCGGCACCGUUUGGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAUGGAGUGAAAGGCAUAC-- C C - --| A UAACC CUGCU GG AAAGAG UACCA AGUUGUGUU ACA U GACGG CU UUUCUC AUGGU UCGACACAA UGU U UGGUUUGCCACGGCUCAUUAA U C U GG^ G UCCAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Snu-Mir-317_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAGUACCAAGUUGUGUUAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Snu-Mir-317_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGAACACAGCUGGUGGUAUCUCUUU -61
Get sequence
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