| MirGeneDB ID | Aga-Mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-317 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aga-mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-317-P8 Aae-Mir-317-P9 Agr-Mir-317 Bge-Mir-317 Csc-Mir-317-P17 Csc-Mir-317-P18 Cte-Mir-317 Dan-Mir-317 Dgr-Mir-317-P3 Dgr-Mir-317-P4 Dlo-Mir-317 Dma-Mir-317 Dme-Mir-317 Dmo-Mir-317 Dpu-Mir-317 Dsi-Mir-317 Dya-Mir-317 Eba-Mir-317 Efe-Mir-317-P5 Efe-Mir-317-P6 Efe-Mir-317-P7 Esc-Mir-317 Gpa-Mir-317 Hme-Mir-317 Hru-Mir-317 Isc-Mir-317 Lan-Mir-317-P10 Lan-Mir-317-P11 Lgi-Mir-317 Lhy-Mir-317 Llo-Mir-317 Lpo-Mir-317-P12 Lpo-Mir-317-P13 Mgi-Mir-317-P1 Mgi-Mir-317-P2 Mom-Mir-317 Npo-Mir-317 Obi-Mir-317 Ofu-Mir-317 Ovu-Mir-317 Pau-Mir-317 Pca-Mir-317 Pdu-Mir-317 Pve-Mir-317 Rph-Mir-317 Snu-Mir-317 Tca-Mir-317 Tur-Mir-317 War-Mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064601.1: 28097557-28097624 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-317) |
Mir-34
NC_064601.1: 28078231-28078294 [-]
Ensembl
Mir-277 NC_064601.1: 28080086-28080155 [-] Ensembl Mir-317 NC_064601.1: 28097557-28097624 [-] Ensembl |
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| Seed | GAACACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAACGACAACUGCAAUAACGUCUCUGCCACUGGGAUACUCCUUGUGCUCGCUGUGCAUAUCGAUUCAAACUAGUGAACACAUCUGGUGGUAUCUCAGUGGCCGGGAUGAGAUCCAUCACUGCAGCGCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAACGACAACUGCAAUAA-- U - U--| C GUGCAUAUC CGUCUC GCCACUGGGAUACU CC UGUG UCGCU \ GUAGGG CGGUGACUCUAUGG GG ACAC AGUGA G GCGCGACGUCACUACCUAGA C U UCU^ A UCAAACUUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aga-Mir-317_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGGAUACUCCUUGUGCUCGCU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Aga-Mir-317_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001522 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UGAACACAUCUGGUGGUAUCUCAGU -68
Get sequence
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