| MirGeneDB ID | Tur-Mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-317 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tur-mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-317-P8 Aae-Mir-317-P9 Aga-Mir-317 Agr-Mir-317 Bge-Mir-317 Csc-Mir-317-P17 Csc-Mir-317-P18 Cte-Mir-317 Dan-Mir-317 Dgr-Mir-317-P3 Dgr-Mir-317-P4 Dlo-Mir-317 Dma-Mir-317 Dme-Mir-317 Dmo-Mir-317 Dpu-Mir-317 Dsi-Mir-317 Dya-Mir-317 Eba-Mir-317 Efe-Mir-317-P5 Efe-Mir-317-P6 Efe-Mir-317-P7 Esc-Mir-317 Gpa-Mir-317 Hme-Mir-317 Hru-Mir-317 Isc-Mir-317 Lan-Mir-317-P10 Lan-Mir-317-P11 Lgi-Mir-317 Lhy-Mir-317 Llo-Mir-317 Lpo-Mir-317-P12 Lpo-Mir-317-P13 Mgi-Mir-317-P1 Mgi-Mir-317-P2 Mom-Mir-317 Npo-Mir-317 Obi-Mir-317 Ofu-Mir-317 Ovu-Mir-317 Pau-Mir-317 Pca-Mir-317 Pdu-Mir-317 Pve-Mir-317 Rph-Mir-317 Snu-Mir-317 Tca-Mir-317 War-Mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587302.1: 4474819-4474887 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-317) |
Mir-317
HE587302.1: 4474819-4474887 [+]
Ensembl
Mir-277 HE587302.1: 4477146-4477214 [+] Ensembl Mir-34 HE587302.1: 4478347-4478406 [+] Ensembl |
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| Seed | GAACACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUUAAUUAAUGAAAAGGGAAAUGGUUUGCUGGGUACCACGCUGGGCUCACAUCUUAAUUGUUAUUAUAUUGGGUGAACACAGCUGGUGGUAUCUCAGUUAACCUUUCUCAAAUAGCCCCUUGACAAGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUUAAUUAAUGAAAAG--- U U - --| GGC AUCUUAAUUG GGAAA GGUU GCUG GGUACCAC GCUG UCAC U UCUUU CCAA UGAC CUAUGGUG CGAC AGUG U UGAACAGUUCCCCGAUAAAC - U U GU^ ACA GGUUAUAUUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tur-Mir-317_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0023060 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGGUACCACGCUGGGCUCACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tur-Mir-317_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0023061 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UGAACACAGCUGGUGGUAUCUCAGU -69
Get sequence
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