| MirGeneDB ID | Csc-Mir-34-P19b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Arizona bark scorpion (Centruroides sculpturatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Csc-Mir-34-P19a Csc-Mir-34-P19c Csc-Mir-34-P20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-34 Aga-Mir-34 Agr-Mir-34 Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cin-Mir-34 Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dlo-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Gpa-Mir-34 Gsp-Mir-34 Hmi-Mir-34 Hru-Mir-34 Isc-Mir-34 Lgi-Mir-34 Lhy-Mir-34 Llo-Mir-34 Mgi-Mir-34 Mom-Mir-34 Npo-Mir-34 Obi-Mir-34 Ofu-Mir-34 Ovu-Mir-34 Pau-Mir-34 Pca-Mir-34 Pdu-Mir-34 Pfl-Mir-34 Pmi-Mir-34 Pve-Mir-34 Rph-Mir-34 Sko-Mir-34 Snu-Mir-34 Spu-Mir-34 Tca-Mir-34 Tur-Mir-34 War-Mir-34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. sculpturatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000671375.1_CSC) |
NW_019384483.1: 599502-599559 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P19b) |
Mir-34-P19c
NW_019384483.1: 589710-589767 [-]
Ensembl
Mir-277-P18b NW_019384483.1: 591286-591347 [-] Ensembl Mir-34-P19b NW_019384483.1: 599502-599559 [-] Ensembl Mir-277-P18a NW_019384483.1: 601078-601139 [-] Ensembl Mir-317-P18 NW_019384483.1: 602611-602681 [-] Ensembl Mir-34-P19a NW_019384483.1: 607027-607084 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAUUUUUUUUACAUAAAAGUGAAUGGUGGUGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUGUGAAUGAUGACGACAACCACUAGUCGUACUGCCGCCUUCCUUCGCUCUCUCAUCAUCCACCGUCUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UAAUUUUUUUUACAUAAA--| U U- GU C GAAUG AGUGAA GG GGUGGCAGUGUG UAG UGGUUGU \ UCGCUU CC CCGCCGUCAUGC AUC ACCAACA A CUCUGCCACCUACUACUCUC^ - UU UG - GCAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Csc-Mir-34-P19b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Csc-Mir-34-P19b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AACCACUAGUCGUACUGCCGCC -58
Get sequence
|
