| MirGeneDB ID | Csc-Mir-277-P18a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-277 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Arizona bark scorpion (Centruroides sculpturatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Csc-Mir-277-P18b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-277 Aga-Mir-277 Agr-Mir-277 Bge-Mir-277 Bko-Mir-277 Bpl-Mir-277 Cel-Mir-277 Dan-Mir-277 Dlo-Mir-277 Dma-Mir-277 Dme-Mir-277 Dmo-Mir-277 Dpu-Mir-277 Dsi-Mir-277 Dya-Mir-277 Eba-Mir-277 Efe-Mir-277 Esc-Mir-277 Gpa-Mir-277 Gsp-Mir-277 Hme-Mir-277 Hru-Mir-277 Isc-Mir-277 Lgi-Mir-277 Llo-Mir-277 Mgi-Mir-277 Mom-Mir-277 Npo-Mir-277 Obi-Mir-277 Ovu-Mir-277 Pau-Mir-277 Pca-Mir-277 Pcr-Mir-277 Pdu-Mir-277 Pve-Mir-277 Rph-Mir-277 Sne-Mir-277 Snu-Mir-277 Tca-Mir-277 Tur-Mir-277 War-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. sculpturatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000671375.1_CSC) |
NW_019384483.1: 601078-601139 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-277-P18a) |
Mir-34-P19c
NW_019384483.1: 589710-589767 [-]
Ensembl
Mir-277-P18b NW_019384483.1: 591286-591347 [-] Ensembl Mir-34-P19b NW_019384483.1: 599502-599559 [-] Ensembl Mir-277-P18a NW_019384483.1: 601078-601139 [-] Ensembl Mir-317-P18 NW_019384483.1: 602611-602681 [-] Ensembl Mir-34-P19a NW_019384483.1: 607027-607084 [-] Ensembl |
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| Seed | AAAUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGUUGUCCACUCCUGGUCGCUGGUACUUUCGUUCCAGAGAUGCGUUUACAAGAGUUCUUGUAAUAUCUGUAAAUGCAUUUUCUGGAAUGAAAACUACCCACGACACAUCUUCGACACCUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50
CUGUUGUCCACUCCUGG- CU C- -| AGAGUUCU
UCG GGUA UUUCGUUCCAG AGAUGCGUUUACA \
AGC CCAU AAAGUAAGGUC UUUACGUAAAUGU U
UCUCCACAGCUUCUACAC AC CA U^ CUAUAAUG
120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Csc-Mir-277-P18a_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUUCCAGAGAUGCGUUUACA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Csc-Mir-277-P18a_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAAAUGCAUUUUCUGGAAUGAA -62
Get sequence
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