MirGeneDB ID | Gsa-Mir-277-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-277 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Russian doll killer (Gyrodactylus salaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gsa-mir-277a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gsa-Mir-277-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-277 Aga-Mir-277 Agr-Mir-277 Bge-Mir-277 Bko-Mir-277 Bpl-Mir-277 Cel-Mir-277 Dan-Mir-277 Dlo-Mir-277 Dma-Mir-277 Dme-Mir-277 Dmo-Mir-277 Dpu-Mir-277 Dsi-Mir-277 Dya-Mir-277 Eba-Mir-277 Efe-Mir-277 Egr-Mir-277-P8 Esc-Mir-277 Gpa-Mir-277 Gsp-Mir-277 Hme-Mir-277 Hru-Mir-277 Isc-Mir-277 Lgi-Mir-277 Llo-Mir-277 Mgi-Mir-277 Mom-Mir-277 Npo-Mir-277 Obi-Mir-277 Ovu-Mir-277 Pau-Mir-277 Pca-Mir-277 Pcr-Mir-277 Pdu-Mir-277 Pve-Mir-277 Rph-Mir-277 Sma-Mir-277-P8 Sme-Mir-277-P8a Sme-Mir-277-P8b Sne-Mir-277 Snu-Mir-277 Tca-Mir-277 Tur-Mir-277 War-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Tricladida + Neodermata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (gyrodactylus_salaris.PRJNA244375.WBPS19.genomic) |
scf7180006947706: 6212-6270 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAACGAAAAAAUGAUAAAUUUAUAUUUAUGAGCCAUUUCUUUGUGUUUGUAUUGAAAAUGUCUAUAAAUGCAAAGUAUCUGGUAUCAUAGAUUAGAGUUUAAACGUCAGAGUUGAAAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AAAACGAAAAAAUGAUA-- AU - UUU-| UUGAA AAUUU AUUUAUGA GCCA CUUUGUGUUUGUA \ UUGAG UAGAUACU UGGU GAAACGUAAAUAU A AAAAGUUGAGACUGCAAAU AU A CUAU^ CUGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gsa-Mir-277-P8_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0035296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAGCCAUUUCUUUGUGUUUGUA -22
Get sequence
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Mature sequence | Gsa-Mir-277-P8_3p |
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mirBase accession | MIMAT0035297 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UAAAUGCAAAGUAUCUGGUAUCAU -59
Get sequence
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