| MirGeneDB ID | Sme-Mir-277-P7a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-277 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sme-mir-277b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sme-Mir-277-P7b Sme-Mir-277-P8a Sme-Mir-277-P8b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-277 Aga-Mir-277 Agr-Mir-277 Bge-Mir-277 Bko-Mir-277 Bpl-Mir-277 Cel-Mir-277 Dan-Mir-277 Dlo-Mir-277 Dma-Mir-277 Dme-Mir-277 Dmo-Mir-277 Dpu-Mir-277 Dsi-Mir-277 Dya-Mir-277 Eba-Mir-277 Efe-Mir-277 Egr-Mir-277-P7 Esc-Mir-277 Gpa-Mir-277 Gsp-Mir-277 Hme-Mir-277 Hru-Mir-277 Isc-Mir-277 Lgi-Mir-277 Llo-Mir-277 Mgi-Mir-277 Mom-Mir-277 Npo-Mir-277 Obi-Mir-277 Ovu-Mir-277 Pau-Mir-277 Pca-Mir-277 Pcr-Mir-277 Pdu-Mir-277 Pve-Mir-277 Rph-Mir-277 Sma-Mir-277-P7 Sne-Mir-277 Snu-Mir-277 Tca-Mir-277 Tur-Mir-277 War-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000140_dd_Smes_g4_140: 655258-655315 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-277-P7a) |
Mir-277-P8a
NNSW01000140_dd_Smes_g4_140: 654964-655022 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-277-P7a NNSW01000140_dd_Smes_g4_140: 655258-655315 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUAUUUUUUACAGAUCGGUUGUAUUGAUCUUGAUCAGAAAUGCAGCUUCAGAGAAAUCACUGUGAAAAUGCAUUAUCUGGCCAAGAAAAUGAAGCCUAAAACACAUCUAAGUAGACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUAUUUUUUACAGAUC----| G GA AU - GC GAGAA GGUU UAUU UCUUG CAGA AAUGCA UUCA A CCGA GUAA AGAAC GUCU UUACGU AAGU U ACAGAUGAAUCUACACAAAAU^ A A- CG A AA GUCAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The mature read is shifted 3 nt 3' relative to the other paralogues resulting in a non-canonical Dicer cut. There are no 3p reads with the usual 2 nt Dicer offset. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sme-Mir-277-P7a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGAUCAGAAAUGCAGCUUCA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Sme-Mir-277-P7a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AAAAUGCAUUAUCUGGCCAAGAA -58
Get sequence
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