MirGeneDB ID | Ava-Mir-277-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-277 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bdelloid rotifer (Adineta vaga) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ava-Mir-277-P10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-277 Aga-Mir-277 Agr-Mir-277 Bge-Mir-277 Bko-Mir-277 Bpl-Mir-277 Cel-Mir-277 Dan-Mir-277 Dlo-Mir-277 Dma-Mir-277 Dme-Mir-277 Dmo-Mir-277 Dpu-Mir-277 Dsi-Mir-277 Dya-Mir-277 Eba-Mir-277 Efe-Mir-277 Esc-Mir-277 Gpa-Mir-277 Gsp-Mir-277 Hme-Mir-277 Hru-Mir-277 Isc-Mir-277 Lgi-Mir-277 Llo-Mir-277 Mgi-Mir-277 Mom-Mir-277 Npo-Mir-277 Obi-Mir-277 Ovu-Mir-277 Pau-Mir-277 Pca-Mir-277 Pcr-Mir-277 Pdu-Mir-277 Pve-Mir-277 Rph-Mir-277 Sne-Mir-277 Snu-Mir-277 Tca-Mir-277 Tur-Mir-277 War-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_021613535.1_ASM2161353v1_AVA) |
CP075493.1: 6239105-6239166 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUAUAUAUAUAUGUACCGUUCAUUUGCUCGUGCCCGGCAAUGCCUUUGCACGUGACCACCAAAAGACUGUAAAUGCAUUGGUCUGGUACGACCCAUUGGAACGUUUUCAUCGUUGUCUUGUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UAUAUAUAUAUAUGUAC- AUU C- C -| C CGUGACCA CGUUC UG UCGUGCC GG CAAUGC UUUGCA \ GCAAG AC AGCAUGG CU GUUACG AAAUGU C UGUUCUGUUGCUACUUUU GUU CC U G^ U CAGAAAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ava-Mir-277-P11_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGCCCGGCAAUGCCUUUGCA -21
Get sequence
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Mature sequence | Ava-Mir-277-P11_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAAAUGCAUUGGUCUGGUACGA -62
Get sequence
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