| MirGeneDB ID | Dma-Mir-96-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large common water flea (Daphnia magna) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dma-Mir-96-P2-v1 Dma-Mir-96-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-96-P2 Aca-Mir-96-P2 Aga-Mir-96-P2 Agr-Mir-96-P2 Ami-Mir-96-P2 Asu-Mir-96-P2 Ava-Mir-96-o2 Bfl-Mir-96-P2f Bfl-Mir-96-P2g Bfl-Mir-96-P2h Bfl-Mir-96-P2i Bfl-Mir-96-P2j Bfl-Mir-96-P2k Bge-Mir-96-P2 Bla-Mir-96-P2f Bla-Mir-96-P2g Bla-Mir-96-P2h Bla-Mir-96-P2i Bla-Mir-96-P2j Bla-Mir-96-P2k Bta-Mir-96-P2 Cbr-Mir-96-P2p Cbr-Mir-96-P2q Cel-Mir-96-P2 Cfa-Mir-96-P2 Cin-Mir-96-P2 Cja-Mir-96-P2 Cli-Mir-96-P2 Cmi-Mir-96-P2 Cpi-Mir-96-P2 Cpo-Mir-96-P2 Csc-Mir-96-P2w Cte-Mir-96-P2 Dan-Mir-96-P2 Dlo-Mir-96-P2 Dme-Mir-96-P2 Dno-Mir-96-P2 Dpu-Mir-96-P2-v1 Dre-Mir-96-P2a Dsi-Mir-96-P2 Dya-Mir-96-P2 Eba-Mir-96-P2 Ebu-Mir-96-P2e Eca-Mir-96-P2 Efe-Mir-96-P2n Efe-Mir-96-P2o Ete-Mir-96-P2 Gga-Mir-96-P2 Gja-Mir-96-P2 Gmo-Mir-96-P2a Gpa-Mir-96-P2 Hme-Mir-96-P2 Hru-Mir-96-P2 Hsa-Mir-96-P2 Isc-Mir-96-P2 Laf-Mir-96-P2 Lan-Mir-96-P2 Lch-Mir-96-P2 Lgi-Mir-96-P2 Lhy-Mir-96-P2 Llo-Mir-96-P2-v1 Loc-Mir-96-P2 Lpo-Mir-96-P2r Lpo-Mir-96-P2s-v1 Lpo-Mir-96-P2t-v1 Lpo-Mir-96-P2u Lpo-Mir-96-P2v-v1 Mal-Mir-96-P2a Mal-Mir-96-P2b Mdo-Mir-96-P2 Mgi-Mir-96-P2l Mgi-Mir-96-P2m Mml-Mir-96-P2 Mmr-Mir-96-P2 Mmu-Mir-96-P2 Mom-Mir-96-P2x Mom-Mir-96-P2y Mom-Mir-96-P2z Mun-Mir-96-P2 Neu-Mir-96-P2 Npo-Mir-96-P2 Oan-Mir-96-P2 Obi-Mir-96-P2 Ocu-Mir-96-P2 Ofu-Mir-96-P2 Ovu-Mir-96-P2 Pab-Mir-96-P2 Pau-Mir-96-P2 Pbv-Mir-96-P2 Pca-Mir-96-P2 Pdu-Mir-96-P2 Pfl-Mir-96-P2 Pma-Mir-96-P2o1 Pmi-Mir-96-P2 Pve-Mir-96-P2 Rno-Mir-96-P2 Rph-Mir-96-P2 Sha-Mir-96-P2 Sko-Mir-96-P2 Snu-Mir-96-P2 Spt-Mir-96-P2 Spu-Mir-96-P2 Sto-Mir-96-P2 Tca-Mir-96-P2 Tgu-Mir-96-P2 Tni-Mir-96-P2a Tni-Mir-96-P2b Tur-Mir-96-P2 War-Mir-96-P2 Xla-Mir-96-P2c Xla-Mir-96-P2d Xtr-Mir-96-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DMA_ASM399081) |
NC_046180.1: 10114058-10114118 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-96-P2-v2) |
Mir-96-P2-v1
NC_046180.1: 10114057-10114119 [-]
Ensembl
Mir-96-P2-v2 NC_046180.1: 10114058-10114118 [-] Ensembl Mir-96-P3 NC_046180.1: 10114339-10114567 [-] Ensembl |
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| Variant | Dma-Mir-96-P2-v2 |
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| Seed | UGGCACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAAUUGUGGCGUGACAAUUCCGGUGAUCCUUGGCACUGGAAGAAUUCACAGAGUGCAUUACGACAGGUCGUGGGUUCCCUGGUGCCAGAGAUUGCUCCCGGAAAUCAAUACCAACCGUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAAUUGUGGCGUGACAAU ---|UG C UG AA AGAGUGCAU UCCG G AUC UUGGCAC G GAAUUCAC U AGGC C UAG GACCGUG C CUUGGGUG A CAUGCCAACCAUAACUAA- CCU^GU A GU C- CUGGACAGC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dma-Mir-96-P2-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGGCACUGGAAGAAUUCACAGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Dma-Mir-96-P2-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- GUGGGUUCCCUGGUGCCAGAG -61
Get sequence
|
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| Variant | Dma-Mir-96-P2-v1 |
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| Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAAAUUGUGGCGUGACAAUUCCGGUGAUCCUUGGCACUGGAAGAAUUCACAGAGUGCAUUACGACAGGUCGUGGGUUCCCUGGUGCCAGAGAUUGCUCCCGGAAAUCAAUACCAACCGUACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAAAUUGUGGCGUGACAA ---|UG C UG AA AGAGUGCAU UUCCG G AUC UUGGCAC G GAAUUCAC U AAGGC C UAG GACCGUG C CUUGGGUG A ACAUGCCAACCAUAACUA- CCU^GU A GU C- CUGGACAGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dma-Mir-96-P2-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUGGCACUGGAAGAAUUCACAGA -24
Get sequence
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| Star sequence | Dma-Mir-96-P2-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- GUGGGUUCCCUGGUGCCAGAGA -63
Get sequence
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