MirGeneDB ID | Gmo-Mir-96-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-182 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Mir-96-P1a Gmo-Mir-96-P3a-v1 Gmo-Mir-96-P3a-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-96-P2 Aca-Mir-96-P2 Ami-Mir-96-P2 Asu-Mir-96-P2 Bge-Mir-96-P2 Bta-Mir-96-P2 Cel-Mir-96-P2 Cfa-Mir-96-P2 Cin-Mir-96-P2 Cli-Mir-96-P2 Cmi-Mir-96-P2 Cpi-Mir-96-P2 Cpo-Mir-96-P2 Cte-Mir-96-P2 Dan-Mir-96-P2 Dma-Mir-96-P2 Dme-Mir-96-P2 Dno-Mir-96-P2 Dpu-Mir-96-P2 Dre-Mir-96-P2a Dsi-Mir-96-P2 Dya-Mir-96-P2 Ete-Mir-96-P2 Gga-Mir-96-P2 Gja-Mir-96-P2 Hme-Mir-96-P2 Hsa-Mir-96-P2 Isc-Mir-96-P2 Lan-Mir-96-P2 Lch-Mir-96-P2 Lgi-Mir-96-P2 Loc-Mir-96-P2 Mal-Mir-96-P2a Mdo-Mir-96-P2 Mml-Mir-96-P2 Mmu-Mir-96-P2 Mun-Mir-96-P2 Npo-Mir-96-P2 Oan-Mir-96-P2 Obi-Mir-96-P2 Ocu-Mir-96-P2 Ovu-Mir-96-P2 Pbv-Mir-96-P2 Pfl-Mir-96-P2 Pmi-Mir-96-P2 Rno-Mir-96-P2 Sha-Mir-96-P2 Sko-Mir-96-P2 Spt-Mir-96-P2 Spu-Mir-96-P2 Sto-Mir-96-P2 Tca-Mir-96-P2 Tgu-Mir-96-P2 Tni-Mir-96-P2a Xtr-Mir-96-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_4098: 13679-13743 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-96-P2a) |
Mir-96-P3a-v1
GeneScaffold_4098: 12669-12730 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-96-P3a-v2 GeneScaffold_4098: 12670-12729 [+] UCSC Ensembl Mir-96-P1a GeneScaffold_4098: 12976-13039 [+] UCSC Ensembl Mir-96-P2a GeneScaffold_4098: 13679-13743 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGUCGUCUCAGAAGCUGCUCUCUGGCGGUAUUUGGCAAUGGUAGAACUCACACUGGUGAGCUAGAAGGAUCCGGUGGUUCUAGACUUGCCAACUACCGCUCUGGGUCUAAGCUCCGACACAGAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGUCGUCUCAGAAGCUGCU- U-| U UGG U ACUGGUGAGC CUC GGCGGUA UUGGCAA UAGAAC CAC U GGG UCGCCAU AACCGUU AUCUUG GUG A GGAGACACAGCCUCGAAUCU UC^ C CAG - GCCUAGGAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gmo-Mir-96-P2a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0044265 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUGGCAAUGGUAGAACUCACACU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gmo-Mir-96-P2a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0044266 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- UGGUUCUAGACUUGCCAACUA -65
Get sequence
|