| MirGeneDB ID | Dre-Mir-181-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-181c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-181-P1a1 Dre-Mir-181-P1a2 Dre-Mir-181-P1b2 Dre-Mir-181-P1c1 Dre-Mir-181-P1c2 Dre-Mir-181-P2a1 Dre-Mir-181-P2a2 Dre-Mir-181-P2b2 Dre-Mir-181-P2c1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2c Ami-Mir-181-P2c Bta-Mir-181-P2c Cfa-Mir-181-P2c Cja-Mir-181-P2c Cmi-Mir-181-P2c Cpi-Mir-181-P2c Dno-Mir-181-P2c Eca-Mir-181-P2c Ete-Mir-181-P2c Gmo-Mir-181-P2c2 Hsa-Mir-181-P2c Laf-Mir-181-P2c Lch-Mir-181-P2c Loc-Mir-181-P2c Mal-Mir-181-P2c2 Mdo-Mir-181-P2c Mml-Mir-181-P2c Mmr-Mir-181-P2c Mmu-Mir-181-P2c Mun-Mir-181-P2c Neu-Mir-181-P2c Oan-Mir-181-P2c Ocu-Mir-181-P2c Pab-Mir-181-P2c Pbv-Mir-181-P2c Rno-Mir-181-P2c Sha-Mir-181-P2c Sto-Mir-181-P2c Tni-Mir-181-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr3: 34197705-34197762 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2c2) |
Mir-181-P1c2
chr3: 34197460-34197519 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P2c2 chr3: 34197705-34197762 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUCUACUGUCACAGCUCUGGGUCCUGAUUCACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUUUAUCUCUUCGACUCGCCGGACAAUGAAUGAGAACUACGGCUCCUCCUGCGCUAAUGUGAAACGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAUCUACUGUCACAGCUCU--| C A A CUG UUAU GGGUC UG UUC CAUUCAUUG UCGGUGGGUU C CUCGG AU AAG GUAAGUAAC GGCCGCUCAG U GCAAAGUGUAAUCGCGUCCUC^ C C A A-- CUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-181-P2c2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001852 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUU -24
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-181c |
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| Star sequence | Dre-Mir-181-P2c2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0031980 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUCGCCGGACAAUGAAUGAGAA -58
Get sequence
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